[发明专利]与肝癌易感性相关的单核苷酸多态性位点rs7574865及其应用

权利要求书

1.一种与肝癌易感性相关的核酸分子，其特征在于，所述的核酸分子包括SNP位点rs7574865，其序列如SEQ.ID.NO.2所示。

2.如权利要求1所述的核酸分子，其特征在于，该核酸分子的第27位碱基是G或者T。

3.一种与肝癌易感性相关的遗传区域2q32.2-32.3内的STAT4基因部分序列，其特征在于，该STAT4基因部分序列包括权利要求1所述的序列，其核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示。

4.一组检测SNP位点rs7574865的引物，其特征在于，所述的引物包括特异性核酸引物和UEP引物，特异性核酸引物的序列如SEQ.ID.NO.3和SEQ.ID.NO.4所示，UEP引物的序列如SEQ.ID.NO.5所示。

5.一种检测SNP位点rs7574865的方法，其特征在于，获得rs7574865序列的步骤依次为：

（1）利用权利要求4所述的特异性核酸引物扩增样本的DNA；所述的特异性核酸引物的序列如SEQ.ID.NO.3和SEQ.ID.NO.4所示；

（2）取步骤（1）的产物为模板，利用UEP引物进行单碱基延伸，所述的UEP引物的序列如SEQ.ID.NO.5所示；

（3）质谱检测步骤（2）的产物。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤（1）的扩增条件为：95℃2min；95℃0.5min，56℃0.5min，72℃1min，45个循环；72℃5min，25℃∞min。

7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤（1）的产物经过纯化后再进行单碱基延伸。

8.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤（2）所述的单碱基延伸的条件为：94℃30s；94℃5s，52℃5s-80℃5s，内部循环5次，外部循环40次；72℃180s；25℃∞s。

9.如权利要求5所述的方法，其特征在于，获得rs7574865序列的具体步骤如下：

在STAT4基因内选择SNP性位点rs7574865并设计特异性核酸引物和UEP引物；

依据相应的碱基序列合成引物SEQ.ID.NO.3，SEQ.ID.NO.4以及UEP引物SEQ.ID.NO.5；PCR反应体系5ul：0.625ul10×TaqBuffer,0.125mM dNTP,0.12ul10nM PCR引物Mix，0.32525nM MgCl₂,0.1ul5U/ML Hotstar酶,用ddH₂O补足5ul；PCR反应条件：95℃2min；95℃0.5min，56℃0.5min，72℃1min，45个循环；72℃5min，25℃∞min；SAP纯化反应体系2ul：0.17ul10×SAPBuffer,0.31U/ul SAP酶,用ddH₂O补足2ul；SAP纯化反应条件：37℃40min，85℃5min，25℃∞min；

单碱基延伸反应体系2ul:0.210×iPlexBuffer,0.2iPlex Termination,0.33100uM终止引物Mix，0.041iPlex Enzyme,用ddH₂O补足2ul；单碱基延伸反应条件：94℃30s；94℃5s，52℃5s-80℃5s，内部循环5次，外部循环40次；72℃180s；25℃∞s；

将上述反应产物经树脂纯化后，取10nL，SpectroCHIP芯片上样；通过MALDI-TOF Mass Spectrometry进行质谱检测，并获取SNP位点rs7574865的分型数据。

10.一种检测SNP位点rs7574865的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包括权利要求4所述的特异性核酸引物。

11.如权利要求10所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还包括UEP引物，其序列如SEQ.ID.NO.5所示。

12.如权利要求10所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还包括的PCR中使用的缓冲液。