[发明专利]CHRNA5基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种CHRNA5基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

CHRNA5全称尼古丁乙酰胆碱受体亚单位α5(cholinergic receptor，nicotinic，alpha5)，是尼古丁受体基因家族成员之一。位于15号染色体15q25的长臂上，长度大约有115kbp。CHRNA5基因会影响机体对尼古丁的吸收，参与乙酰胆碱受体蛋白的合成，而乙酰胆碱是产生欣快感的主要神经传导物质，它同时也影响机体的学习与记忆能力、睡眠、肌肉运动、心跳和血压等。在CHRNA5基因发生变异之后，机体产生的乙酰胆碱受体蛋白更易于和尼古丁结合。对于人类，这会使人体易于对尼古丁产生依赖性，也就是烟瘾。目前，有研究表明，CHRNA5基因与肺癌、消化道癌、以及对尼古丁、酒精和鸦片等产生的依赖性有相关性。

目前，CHRNA5基因突变检测方法主要有：PCR-RFLP，荧光定量PCR技术，SNPlex Genotyping System技术，PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。而其它以PCR为基础的检测技术，如荧光定量PCR技术，则存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点。而且以上这两种方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。SNPlexTM System技术对SNP序列特异性要求较高，不能随意地分型所选择的SNPs，难以应用于临床检测诊断，而且该方法操作比较复杂，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供CHRNA5基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测CHRNA5基因六种常见基因型G1192A、A16718T、G5539C、G18427A、G23644C和C393T的野生型和突变型。

实现上述目的技术方案如下：

一种CHRNA5基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对CHRNA5基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G1192A位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14，针对A16718T位点的SEQ IDNO.15及SEQ ID NO.16，针对G5539C位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18，针对G18427A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20，针对G23644C位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22，和/或针对C393T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.25～SEQ ID NO.36，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一个实施例中，所述扩增引物为：针对G1192A位点的SEQ ID NO.37及SEQ ID NO.38，针对A16718T位点的SEQ ID NO.39及SEQ ID NO.40，针对G5539C位点的SEQ ID NO.41及SEQ IDNO.42，针对G18427A位点的SEQ ID NO.43及SEQ ID NO.44，针对G23644C位点的SEQ ID NO.45及SEQ ID NO.46，和/或针对C393T位点的SEQ ID NO.47及SEQ ID NO.48。