[发明专利]一种适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法

权利要求书

1.一种适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

（1）向3~6mL产糖被细菌的培养物中加入400μL DNA提取缓冲液和10μL溶菌酶的水溶液，37℃下静置10min，再加入10μL蛋白酶K的水溶液，65℃下静置1h；

（2）向步骤（1）得到的混合溶液中加入等体积的苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提，离心，取上清；

（3）向步骤（2）得到的上清中，加入等体积的氯仿-异戊醇混合溶液，抽提，离心，取上清；

（4）向步骤（3）得到的上清液中，加入2倍体积的冷乙醇和0.1倍体积的醋酸钠的水溶液，离心，沉淀经体积百分浓度为70%的乙醇洗涤后室温干燥，加DNA提取缓冲液溶解；

（5）向步骤（4）得到的体系中加入RNA酶的水溶液10μL，37℃下静置10min；

（6）向步骤（5）得到的体系中加入PEG6000，混匀，50℃下静置10min；

（7）向步骤（6）得到的体系中加入等体积的苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提，离心，取上清；

（8）向步骤（7）得到的上清中，加入等体积的氯仿-异戊醇混合溶液，抽提，离心，取上清；

（9）向步骤（8）得到的上清中，加入2倍体积的冷乙醇和0.1倍体积的醋酸钠溶液，离心，沉淀经体积百分浓度为70%的乙醇洗涤后室温干燥，加200μl ddH₂O或者TE缓冲液溶解，即为提取到的DNA溶液，-20℃保存备用。

2.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，所述的产糖被细菌为吡咯伯克霍尔德氏菌（Burkholderia pyrrocinia）、巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）、越南伯克霍尔德氏菌（Burkholderia vietnamiensis）、洋葱伯克霍尔德氏菌（Burkholderia cepacia）和草木樨中华根瘤菌（Sinorhizobium meIiIoti）。

3.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（1）和（4）中，所述的DNA提取缓冲液按如下方法配制得到：将1mol/L pH 8.0的Tris-HCl缓冲液10mL、0.5mol/L pH8.0的EDTA 4mL、5mol/L的NaCl 28mL、十六烷基三甲基溴化铵2g和聚乙烯吡咯烷酮2g溶于去离子水，定容到100mL；使用时加入2mL的2-巯基乙醇。

4.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（1）中，所述的溶菌酶的水溶液中，溶菌酶的浓度为50mg/mL。

5.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（1）中，所述的蛋白酶K的水溶液中，蛋白酶K的浓度为20mg/mL。

6.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（2）和（7）中，所述的苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，苯酚、氯仿和异戊醇的体积比为25:24:1。

7.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（3）和（8）中，所述的氯仿-异戊醇混合溶液，氯仿和异戊醇的体积比为24:1。

8.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（4）和（9）中，所述的醋酸钠的水溶液中，醋酸钠的浓度为3mol/L。

9.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（5）中，所述的RNA酶水溶液中，RNA酶的浓度为10mg/mL。

10.根据权利要求1所述的适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，其特征在于，步骤（6）中，PEG6000加入量为10~20g/L。