[发明专利]一种转基因水稻外源插入载体旁侧序列及其应用

说明书

技术领域

    本发明涉及的是一种生物技术领域的基因序列。具体的说，涉及一种转基因水稻品系SK-2的外源插入载体的旁侧序列。 

背景技术

自1983年首例转基因烟草作物问世以来, 基因工程技术发展日新月异, 转基因作物新品种不断涌现，近年来，玉米、大豆、油菜、棉花、番茄等转基因作物已在许多国家允许种植和生产，并被广泛用作食品或饲料的加工原料。由于转基因产品存在着生态风险和食品安全等一系列的问题，因此，世界各国政府和相关国际组织纷纷制定相应的安全管理法规，加强遗传改良作物的规范管理，并对遗传改良作物及其产品实施标识制度。 

为了应对遗传改良作物管理相关的法律法规和制度，建立高效、快速、特异的检测技术十分必要，它是各国际组织和国家管理遗传改良作物的有力技术支撑。基于核酸的聚合酶链反应（PCR）检测技术因具有高灵敏度和特异性强的优点，已成为目前最重要、应用最广泛的遗传改良作物及其产品检测技术。PCR检测方法建立的主要依据是特异性的扩增遗传改良植物的外源基因片段。在转基因植物中，稳定表达的外源DNA插入片段一般包括启动子、目的基因和终止子三类元件。针对扩增的外源DNA片段差异，PCR检测策略可以分为四种，即通用元件筛选PCR检测、基因特异性PCR检测、构建特异性PCR检测和品系特异性PCR检测。品系特异性PCR检测是通过检测外源插入载体与植物基因组的连接区序列实现的。由于每个遗传改良作物品系，都具有特异性的外源插入载体与植物基因组的连接区序列，并且连接区序列是单拷贝的，因此品系特异性检测方法具有较筛选、基因特异性和构建特异性PCR检测方法更高的特异性和准确性，能够特异性的检测专一的遗传改良作物品系。因此，外源插入片段的旁侧序列是建立转基因植物品系特异性检测方法的重要技术资料。 

水稻是我国最重要的粮食作物之一，随着转基因技术在水稻中的广泛研究和应用，已经有多个转基因水稻品系进行了环境释放，申请商业化种植。为了对转基因水稻进行监督管理，保障其健康发展，对转基因水稻的外源插入片段的旁侧序列进行分离非常关键。 

目前已经有部分专利和文献报道了转基因植物外源插入片段的旁侧序列，例如：张大兵等人于2006年利用TAIL-PCR方法分析了玉米品系MON863的外源插入片段的旁侧序列，建立了转基因MON863玉米的品系特异性检测方法，谢家建等人于2007年利用TAIL-PCR、genome walking和D-PCR等方法获得了转基因水稻克螟稻、Bt汕优63、科丰6号、科丰8号的外源插入片段的旁侧序列，并建立了品系特异性的检测方法。然而，在对现有的专利和文献的分析中发现，还没有任何关于转基因水稻品系SK-2的外源插入片段的旁侧序列的文章和专利报道。 

发明内容

    针对上述领域中的空白，提供了一种转基因水稻品系SK-2的外源插入片段的旁侧序列。 

    进一步，本发明还提供该转基因品系特异性的PCR检测方法。 

    一种转基因水稻品系SK-2的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为3'端旁侧序列，其特征在于：3'端旁侧序列如SEQ ID NO:1所示。 

    一种转基因水稻品系SK-2的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为5'端旁侧序列，其特征在于：5'端旁侧序列如SEQ ID NO:2所示。 

    3'端旁侧序列的制备方法，其特征在于提取转基因水稻品系SK-2植物基因组DNA，通过TAIL-PCR扩增得到。 

    5’端旁侧序列的制备方法，其特征在于提取转基因水稻品系SK-2植物基因组DNA，通过PCR扩增得到。 

转基因水稻品系SK-2的外源插入片段的旁侧序列的定性PCR检测方法，其特征在于：所述PCR反应中的两条引物组合为3’端旁侧序列的特异性引物：一条引物为依据SEQ ID NO:1中1-2262位序列设计的正向引物，另一条引物为依据SEQ ID NO:1的2263-3221位序列设计的反向引物。合成引物如下：Sk2-F1：5'-CCACCACTTCAAGAACTCTGTAGC-3'和Sk2-R2: 5'-GTAGGGGTAGGTA ATTGGGAAGG-3'。