[发明专利]稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP及其方法与应用

说明书

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，特别涉及一种稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP及其方法与应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。由稻瘟病菌(Magnapothe oryzae)引起的稻瘟病是对水稻生产危害最严重的病害之一，每年都造成严重的粮食损失。从环境保护与农业可持续发展的观点来看，抗病品种的育成与利用是防治稻瘟病最安全有效的方法。传统的水稻抗性育种依赖于抗性表型的鉴定，这不仅要求育种者必须具备丰富的接种、调查经验，而且还容易受到环境以及人为因素的影响，鉴定结果容易造成误差，目标基因的选择效率往往较低。随着分子标记技术的产生以及利用，其方便、直接、不受环境影响等优点使得该技术的应用价值及前景越来越受到关注。在育种方面，通过开发与目标基因紧密连锁的分子标记，特别是在基因内部开发其功能特异性的分子标记来对目标基因进行选择，不仅选择可靠性高，而且还大大加快了育种步伐。

到目前为止，已经有15个水稻稻瘟病抗性基因被分离克隆，其中包括位于第11染色体长臂端Pik簇上的3个具有不同抗谱以及小种特异性的等位基因：Pik-m(Ashikawa et al.2008.Genetics 180：2267-2276)、Pik(Zhai et al.2011.New Phytologist 189：321-334)以及Pik-p(Yuan et al.2011.Theor Appl Genet 122：1017-1028)。研究表明，这3个等位基因的稻瘟病抗性须由2个相邻的NBS-LRR类型的抗病基因共同介导。同时，在水稻群体中，包含这3个等位基因的基因组区域存在着基因型的分化，即当相邻的2个功能性的NBS-LRR基因同时存在时，该基因型定义为K型；当相邻的2个功能性的NBS-LRR基因同时不存在时，该基因型定义为N型(基因型与感病水稻参考品种日本晴的相同)。

此外，申请人通过图位克隆方法(Map-based cloning)，在水稻供体品种IRBL7-M(Compbell et al.2004.Development of co-dominant amplified polymorphic sequence markers in rice that flank the Magnaporthe grisea gene Pi7(t)in recombinant inbred line 29.Phytopathology 94：302-307)中分离、鉴定到了一个具有独特抗谱的稻瘟病抗性基因Pi7。申请人在Pi7的精细定位过程中发现，在包含Pi7位点的基因组区域中，Pi7供体品种IRBL7-M与Pik-m，Pik以及Pik-p的供体品种具有相似的基因组结构，即与参考序列日本晴之间存在着大片段的插入/缺失。进一步的功能互补实验结果证明了Pi7属于第5个分离得到的Pik簇的等位基因(申请人未发表数据)。然而，Pi7所具有的独特抗谱(同上，Compbell et al.2004.Phytopathology 94：302-307)，使之可以广泛地应用于稻瘟病抗性育种计划中。

因此，为了加快Pi7在抗病育种工作中的应用，如在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定该功能性抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、抗性基因Pi7与其他功能基因的聚合育种、以及转基因育种等，开发出准确有效的Pi7功能特异性分子标记显得尤其重要。

发明内容

为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的是提供一种稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP。

本发明的另一目的在于提供上述稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP的检测方法。

本发明的再一目的在于提供上述稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP的应用。

本发明目的通过以下技术方案实现：

一种稻瘟病抗性基因Pi7功能特异性分子标记Pi7FNP，它由Pi7-1FNP和Pi7-2FNP组合而成，分别由引物对SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2，以及SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4从水稻总DNA中扩增出来的核苷酸序列，并经特异性酶切之后，与稻瘟病抗性基因Pi7呈特异性带型的分子标记；

所述引物对的核苷酸序列如下所示：

SEQ ID NO.1(5’-3’)：gcaggtcagccaagcaat；