[发明专利]多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法及多态性检测用试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法及多态性检测用试剂盒。

背景技术

多药耐药基因MDR1(ABCB1)为编码各种药剂的转运蛋白的基因，其限定了以地高辛为代表的各种药剂的体内动力学。

一般认为，外显子26的第3435位的C置换为T的突变(C3435T突变)存在时，源自MDR1基因的P糖蛋白的表达量变动，各种药剂的体内动力学改变(例如：Proc.Natl.Acad.Sci.USA.，2000年，第97卷，第7号，p.3473-3478)。

已知：源自MDR1基因的P糖蛋白的表达量也由于MDR1基因的外显子21的第2677位的G置换为A或T的突变(G2677A/T突变)而受影响。还已知：上述C3435T突变和G2677A/T突变以高频率同时发生。

作为C3435T突变的检测方法，已知有以下方法：使用为了扩增包含MDR1基因的外显子26的第3435位的碱基的部分而设计的引物进行PCR，用能根据第3435位的碱基中有无突变来区分切断与否的限制性酶进行切断，然后用电泳检测是否切断(PCR-RFLP法)(例如：Genet.Mol.Res.，2010年，第9卷，第1号，p.34-40)。

作为检测C3435突变及G2677A/T突变的方法，已知有下述方法：通过PCR-RFLP法检测C3435突变，通过序列分析法检测G2677A/T突变(例如：Br.J.Clin.Pharmcol.、2005年、第59卷、第3号、p.365-370)。

一方面，已知有下述方法：在用PCR法扩增包含突变的区域后，使用用荧光染料标记的核酸探针进行解链曲线分析，基于解链曲线分析的结果 分析碱基序列的突变(例如：Clin.Chen.，2000年，第46卷，第5号，p.631-635，日本特开2002-119291号公报)。

已知有使用与上述同样的核酸探针来检测MDR1基因的外显子26中C3435T突变的方法(例如：日本特许4454366号公报)。

发明内容

发明要解决的问题

在Genet.Mol.Res.，2010年，第9卷，第1号，p.34-40及Br.J.Clin.Pharmcol.，2005年，第59卷，第3号，p.365-370中记载的PCR-RFLP法中，需要在PCR反应后取出扩增产物并进行限制性酶处理。因此，有时扩增产物有可能混入之后的反应体系中，由此得到假阳性、假阴性的结果。并且，在PCR结束后，用限制性酶进行处理，然后进行电泳，因此，有时到检测出为止所需要的时间也会非常长。另外，由于操作复杂，因此难以自动化。

在日本特许4454366号公报中记载的技术中，即使能够检测MDR1基因的外显子26中的C3435T突变，也无法检测MDR1基因的外显子21中的G2677A/T突变。

本发明提供了能够以高灵敏度简便地检测MDR1基因的外显子21中的G2677A/T突变的多态性检测用探针、使用该探针的多态性检测方法及药效评价方法以及多态性检测用试剂盒。

用于解决问题的手段

用于解决上述问题的具体方法如下所示。

<1>MRD1基因的多态性检测用探针，其包含选自包括下述P1寡核苷酸及P2寡核苷酸的组中的至少一种荧光标记寡核苷酸，其中，

(P1)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第288～300位的碱基的碱基长为13～68的第一碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第288位的碱基互补的碱基用第一荧光染料标记，

(P2)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第300～305位的碱基的碱基长为6～93的第二碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第305位的碱基互补的碱基用第二荧光染料标记。

<2>如上述<1>所述的多态性检测用探针，其中，上述P1寡核苷酸在从上述P1寡核苷酸的3’末端起数第1～3位中的任意位置具有用上述第一荧光染料标记的碱基，

上述P2寡核苷酸在从上述P2寡核苷酸的5’末端起数第1～3位中的任意位置具有用上述第二荧光染料标记的碱基。

<3>如上述<1>或<2>所述的多态性检测用探针，其中，上述P1寡核苷酸在上述P1寡核苷酸的3’末端具有用上述第一荧光染料标记的碱基，