[发明专利]生物基因组简单重复序列的发掘方法及设备

权利要求书

1.一种生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，包括以下步骤：

根据需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征构建正则表达式；

通过所述正则表达式分析待分析序列，判断所述待分析序列中是否存在符合所述正则表达式要求的目标SSR，如果判断结果为是，则输出所述目标SSR；如果判断结果为否，则显示所述待分析序列中不存在所述目标SSR的信息。

2.根据权利要求1所述的生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，所述需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征包括：

所述需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR中的基序的最小长度信息、所述基序的最大长度信息和所述基序的最少再重复次数信息，其中，所述基序指所述SSR中的重复单元。

3.根据权利要求2所述的生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，

所述正则表达式的形式为：(.{i，j}？)(/1){k，}，其中，i、j、k分别表示所述目标SSR中的基序的最小长度值、所述基序的最大长度值、所述基序的最少再重复次数。

4.根据权利要求1所述的生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，在所述判断结果为是，之后还包括：

进一步判断所述目标SSR是否由单一碱基组成，如果判断结果为是，则删除所述目标SSR，如果判断结果为否，则输出所述目标SSR。

5.一种生物基因组简单重复序列的发掘设备，其特征在于，包括：

构建模块：用于根据需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征构建正则表达式；

第一判断模块：用于通过所述构建模块构建的所述正则表达式分析待分析序列，判断所述待分析序列中是否存在符合所述构建模块构建的所述正则表达式要求的目标SSR；

输出模块：用于当所述第一判断模块的判断结果为是时，输出所述目标SSR；

显示模块：用于当所述第一判断模块的判断结果为否时，显示所述待分析序列中不存在所述目标SSR的信息。

6.根据权利要求5所述的生物基因组简单重复序列的发掘设备，其特征在于，所述需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征包括：

所述需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR中的基序的最小长度信息、所述基序的最大长度信息和所述基序的最少再重复次数信息，其中，所述基序指所述SSR中的重复单元。

7.根据权利要求6所述的生物基因组简单重复序列的发掘设备，其特征在于，

所述正则表达式的形式为：(.{i，j}？)(/1){k，}，其中，i、j、k分别表示所述目标SSR中的基序的最小长度值、所述基序的最大长度值、所述基序的最少再重复次数。

8.根据权利要求5所述的生物基因组简单重复序列的发掘设备，其特征在于，还包括：第二判断模块和删除模块；

所述第二判断模块用于：当所述第一判断模块判断存在符合所述正则表达式要求的目标SSR时，进一步判断所述目标SSR是否由单一碱基组成；

所述删除模块用于：当所述第二判断模块的判断结果为是时，删除所述目标SSR；

所述输出模块还用于：当所述第二判断模块的判断结果为否时，输出所述目标SSR。