[发明专利]一种RB1基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种RB1基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

视网膜母细胞瘤基因1(Retinoblastoma1，RB1)是人类第一个分离克隆的抑癌基因。因为该基因与视网膜母细胞瘤的发生密切相关，  因此被命名为视网膜母细胞瘤基因。RB1基因是细胞周期的负调控因子，通过与转录因子结合调节细胞增殖和分化所需基因的表达，从而维持细胞生长发育的平衡。因此，该基因的功能与细胞周期、细胞衰老、细胞凋亡、细胞分化和生长抑制等有关。

目前，对RB1基因突变进行检测和分析的方法很少，主要有直接测序法和单链构象多态性分析法(Single-Strand ConformationPolymorphism，SSCP)，其中最常用的方法有PCR产物的SSCP分析法。SSCP分析法主要是通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离具有不同空间结构的单链DNA分子，并通过放射性自显影、银染或溴化乙锭显色分析结果，通过单链DNA带迁移率与正常对照的相对比，判定该链构象发生改变，进而推断该DNA片段中有碱基突变，该方法简便、快速；但是，SSCP分析法并不能确定碱基突变的位置和类型，电泳条件要求严格，另外，由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供RB1基因突变检测液相芯片。该液相芯片可用于单独或并行检测RB1基因三种常见基因型C1654T、C1666T和C1981T的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种RB1基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对RB1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对C1654T位点的SEQ ID NO.7及SEQ ID NO.8；针对C1666T位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10；和/或针对C1981T位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.13～SEQ ID NO.18，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

优选地，所述扩增引物为：针对C1654T、C1666T位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；和/或针对C1981T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22。

优选地，所述ASPE引物为针对C1654T位点的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.7组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.8组成的序列；针对C1666T位点的由SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.9组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.10组成的序列；和/或针对C1981T位点的由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.11组成的序列及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.12组成的序列。

本发明的另一目的是提供用于RB1基因突变检测的特异性引物。

实现该目的的技术方案如下：

所述特异性引物序列为：针对C1654T位点的SEQ ID NO.7及SEQ ID NO.8；针对C1666T位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10；和/或针对C1981T位点的SEQ ID NO.11及SEQ IDNO.12。

本发明的主要优点在于：