[发明专利]鸡CRBP2基因遗传变异的检测方法和应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因变异的检测方法，具体涉及鸡CRBP2基因遗传变异的检测方法和应用。

背景技术

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms，SNPs)主要是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失等变化所引起的DNA序列的多态性。SNP标记和其他遗传标记，如限制性酶切片段长度多态性(re-striction fragment length polymorphism，RFLP)、微卫星标记(microsatellites or short tandem repeats，STRs)等相比具有两个显著特点。一是，SNP在基因组中的分布最为广泛，有最为丰富的遗传多样性，而且许多SNP和生物性状的变异相关联，其本身即是遗传变异研究的候选基因或位点。所以，研究SNP有助于解释不同个体表形性状的差异，不同群体和个体对疾病、环境因子等反应的差异；其二，SNP在基因组中为双等位基因，在任何群体中其等位基因的频率都可准确地估算出来，因而便于高通量的批量检测，此外，通过比较种间SNP的差异，还可以了解种间的亲缘关系和群体遗传多样性等信息。

目前对SNP进行检测的方法较多，而大多数实验室采用的是成本相对较低、技术易掌握、检出率较高、快捷、安全和步骤简单的PCR-SSCP技术。该方法原理是：经PCR扩增的目的片段在变性剂或低离子浓度下经高温处理使之解链并确保成为DNA单链，然后在一定浓度的非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳。在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时，DNA单链的迁移率除与DNA链的长短有关外，更主要的是取决于DNA单链所形成的构象。在非变性条件下，DNA单链可自身折叠形成具有一定空间结构的构象，这种构象由DNA单链碱基决定，其稳定性靠分子内局部顺序的相互作用(主要为氢键)来维持。相同长度的DNA单链其顺序不同，甚至单个碱基不同，所形成的构象不同，电泳迁移率也不同，PCR产物变性后，单链产物经中性聚丙烯酰胺凝胶电泳，因靶DNA中发生单碱基置换，或个别碱基插入或缺失时，因迁移产生变化会出现泳动变位，从而可将变异DNA与正常DNA区分开。相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异，所形成的构象就会不同，其在凝胶中泳动速度不一样，从而显示出带型的差异，即多态型。

SNP有非同义cSNP、同义cSNP、内含子区SNP、调控区的rSNP几类，均能从不同角度影响基因功能，其中非同义cSNP由于改变基因编码的氨基酸，从而影响基因功能；同义cSNP可通过改变mRNA的二级结构、翻译速度等影响基因功能的发挥；内含子区SNP可通过改变剪接位点的活性来影响基因功能；调控区的rSNP则可通过影响启动子元件来调节基因的功能。

CRBP2是一类与维生素A(VA)代谢有关的疏水性小分子，担任着转运视黄醇(VA)的任务，从而参与体内许多生物学过程，如视觉、繁殖、上皮细胞的维持、骨的生长发育等^[7]。陈咏梅等(2000)研究后发现睾丸支持细胞(Sertoli细胞)可合成CRBP2，且合成量具有与生精周期相伴的的周期性变化。因此研究CRBP2基因遗传变异和分子遗传特征对动物生长发育、繁殖具有重要理论意义和实践意义。

迄今为止，国内外均未见鸡CRBP2基因遗传变异的研究，由于中国地方鸡种CRBP2基因遗传变异领域的研究匮乏，该基因位点的功能研究及其遗传变异与产蛋性状(如产蛋量、开产体重、开产蛋重等)关联的研究仍是空白。

发明内容

本发明的目的在于，采用PCR-SSCP技术检测鸡CRBP2基因的单核苷酸多态性，并将其与生产性状进行关联分析，以筛选出SNP位点以辅之于育种，加快畜禽育种进程。

为了实现上述目的，本发明采取如下技术方案：

一种鸡CRBP2基因遗传变异的检测方法，其特征在于包括提取鸡血样基因组DNA；对基因组DNA进行PCR扩增，在PCR扩增时使用的上游引物序列为：ATTTCATTTATGCAGACACTA，下游引物序列为：CAGAGATCAGAGCTGTCTAA；将扩增产物进行凝胶电泳并拍照，分析电泳结果；。

本发明的一个实施方式中，PCR扩增步骤包括30～40个循环的变性、退火、延伸步骤。

本发明的一个实施方式中，PCR扩增为对包括鸡CRBP2基因第9028位点的基因片段进行扩增。

本发明的一个实施方式中，PCR扩增片段长度为237bp。

本发明的一个实施方式中，在于还包括对扩增的基因片段进行测序。