[发明专利]基于体细胞获得性重排的诊断方法

权利要求书

1.适合于监测疾病的方法，所述方法包括：

a)鉴定与患者中的疾病状态相关的体细胞获得性基因组重排，其中通过对该患者的核酸的全基因组分析进行所述鉴定，和

b)监测含有所述基因组重排的核酸的水平变化，和/或定量含有所述基因组重排的核酸的水平，作为该患者中疾病进展或严重性的标志物。

2.权利要求1的方法，其中所述疾病是癌症。

3.权利要求2的方法，其中所述疾病是实体瘤。

4.前述权利要求中任一项的方法，其中在活检或手术切除的肿瘤组织上进行步骤(a)中的核酸分析。

5.前述权利要求中任一项的方法，其中通过DNA测序进行所述全基因组分析。

6.前述权利要求中任一项的方法，其中所述全基因组分析是大规模平行测序方法。

7.权利要求5或6的方法，其中使用配对末端测序进行所述测序。

8.前述权利要求中任一项的方法，其中步骤(b)中的监测步骤是PCR测定。

9.前述权利要求中任一项的方法，其中在来自体液的核酸上进行步骤(b)中的监测步骤。

10.权利要求1的方法，还包括，根据含有所述基因组重排的核酸的水平或水平的变化的指示，在必要情况下治疗所述患者，或在必要情况下停止治疗所述患者的步骤。

11.权利要求1的方法，还包括基于含有所述基因组重排的核酸的水平或水平的变化来确定用于治疗患者的治疗方案的步骤。

12.患者特异性基因组重排作为该患者中的疾病进展的生物标志物的用途。

13.权利要求1的监测方法在评估药物或其他治疗性疗法的效力中的用途。

14.权利要求13的监测方法在评估癌症组织的手术切除的效力中的用途。

15.监测疾病的方法，所述方法包括监测含有基因组重排的核酸的水平变化，和/或定量含有基因组重排的核酸的水平，其中所述基因组重排是与患者中的疾病进展或严重性相关的体细胞获得性突变，并且其中已经通过对该患者的核酸的全基因组分析进行所述重排的鉴定。

16.权利要求1或15的方法，其中在来自处于缓解中的患者的样品上监测含有所述基因组重排的核酸的水平的变化，和/或定量含有所述基因组重排的核酸的水平。

17.前述权利要求中任一项的方法或用途，其中监测多种体细胞获得性基因组重排。

18.医学治疗方法，所述方法包括用适合的疗法治疗患者，或改变对患者的治疗，或停止对患者的治疗，其中所述患者中的含有根据权利要求1或15鉴定的基因组重排的核酸的水平变化已经被鉴定。