[发明专利]用于乳腺肿瘤子分类的方法

权利要求书

1.用于分析乳腺癌病症的方法（10），其包括测定选自由SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 600组成的序列组的序列中一个或多个CpG二核苷酸的基因组甲基化状态。

2.根据权利要求1的方法，其中所述分析是受试者中的乳腺癌分类，并且其中执行下述步骤，

a. 选择（100）特征子集，其包括根据SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 600来自甲基化分类列表的至少一个位置；

b. 测定（110）受试者的DNA中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化状态，与特征子集对应；和

c. 在统计学上分析（120）所述甲基化分类列表，从而获得所述受试者的乳腺癌种类。

3.根据权利要求1或2的方法，其中另外执行下述步骤，

d. 将所述受试者分类（130）为属于乳腺癌的5个主要亚型之一。

4.根据权利要求1 – 3的方法，其中所述甲基化状态对于序列亚组进行测定（110），其中所述特异性亚组选自表2、3A或3B。

5.根据权利要求1 – 3的方法，其中所述甲基化状态对于序列亚组进行测定（110），所述序列亚组通过选择（100）特征子集进行测定。

6.根据权利要求5的方法，其中所述特征子集选择（100）是具有等级聚类的遗传算法。

7.根据权利要求1 – 3的方法，其中所述甲基化状态对于序列亚组进行测定（110），所述序列亚组通过特征子集选择（100）的输出概括进行测定。

8.根据权利要求7的方法，其中所述特征子集选择（100）的输出概括是特征子集中每个特征的出现和选自由SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 600组成的序列组的序列的成对出现的计数。

9.根据权利要求8的方法，其中特征子集中每个特征的出现和序列的成对出现的计数具有大小45。

10.根据权利要求8的方法，其中特征子集中每个特征的出现和序列的成对出现的计数具有大小60。

11.根据权利要求1 – 4的方法，其中所述甲基化状态借助于选自下述的一种或多种方法进行测定（110），

a. 亚硫酸氢盐测序

b. 焦磷酸测序

c. 甲基化敏感单链构象分析（MS-SSCA）

d. 高分辨率解链分析（HRM）

e. 甲基化敏感单核苷酸引物延伸（MS-SnuPE）

f. 碱基特异性切割/MALDI-TOF

g. 甲基化特异性PCR（MSP）

h. 基于微阵列的方法和

i. msp I切割。

12.一种贮存于计算机可读介质上的计算机程序产物（60），其包括当在数据处理装置上执行时适合于执行根据权利要求2、3、4或7的方法步骤的软件代码。

13.一种用于支持临床医生的设备（70），所述设备包括用于下述的工具

a. 选择（700）特征子集，其包括根据SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 600来自甲基化分类列表的至少一个位置；

b. 测定（710）受试者的DNA中一个或多个CpG二核苷酸的甲基化状态，与特征子集对应；

c. 在统计学上分析（720）所述甲基化分类列表，从而获得所述受试者的乳腺癌分类；和

d. 将所述受试者分类（730）为属于乳腺癌的5个主要亚型之一，

所述工具彼此可操作地连接。