[发明专利]微阵列及设计阴性对照探针的方法

说明书

技术领域

本发明涉及提供有阴性对照探针的微阵列及设计阴性对照探针的方法。

背景技术

用微阵列检测中，应建立用于评估背景信号水平的阴性对照探针(也通常被称为NC探针)(″Baio-Jikken Cho-Kihon Q&A″(Bio-Experimental Super-Fundamentals Q&A)，pp.58-61，Yodosha)。通常，在建立NC探针时，选择不可能与分析物交叉反应的特定核苷酸序列，然后固定于基体及用于评估背景信号水平。

近些年，发现基因序列跨越广泛的动物及植物中的种障碍而动态交换。例如，一定可发生一部分微生物基因序列整合进植物基因。因此，由建立NC探针的常规方法得到的以不可能与待检测靶标交叉反应的特定核苷酸序列的理念设计的NC探针难以避免指示跨越种障碍的基因序列交换的不期望的交叉反应。

发明内容

本发明的目的在于提供可更精确评估微阵列中的背景信号水平的手段。

用于达到上述目的的手段是：

(1)用于核酸检测的微阵列，其含：

●基体，

●阴性对照探针组，其：

■被固定于基体的第一区域，及

■提供有多个具有不同序列的第一探针，及

●第二探针，其：

■被固定于基体的第二区域，及

■含互补于靶核酸的序列，

其中所述阴性对照探针组的第一探针的类型数是由所述阴性对照组与完全匹配于所述阴性对照组所含的所述第一探针的一部分的核酸之间的反应得到的杂交信号小于阈值时的数；及

(2)设计(1)的微阵列所含的阴性对照探针组的方法，其包括：

●通过允许相同分析物作用于具有多个第一探针的微阵列来重复测量杂交信号，所述多个第一探针被施加于阴性对照组，所述阴性对照组被固定于分开的区域，

●测定所测杂交信号中散布的最大值，

●通过所述散布的最大值乘以安全因数来测定阈值，及

●测定通过与完全匹配于所述阴性对照组所含的所述第一探针的一部分的核酸反应得到的杂交信号小于所述阈值时所述第一探针的浓度。

本发明提供了可更精确评估微阵列中的背景信号水平的手段。

附图说明

图1是本发明的一个方面的模式图。

图2是显示本发明的原理的坐标图。

图3是显示本发明的一个方面中得到的杂交信号的坐标图。

图4是显示本发明的一个方面的的视图。

实施方式

本发明的微阵列基本上是用被固定于基体上的检测探针固定区域的靶核酸检测探针来检测靶核酸的装置。此装置是检测靶核酸与具有互补于所述靶核酸的序列的靶核酸检测探针之间的杂交信号的装置，由此测定所述靶核酸是否存在于含核酸分析物的样品中。本发明的微阵列不仅提供所述靶核酸检测探针，还提供阴性对照探针组。所述阴性对照探针组是用于检测背景信号的探针组，且此组被固定于排列于已固定所述靶核酸检测探针的基体表面的阴性对照探针固定区域。

本文中的术语″微阵列″同义于通常所用术语，例如″核酸芯片″、″DNA芯片″及″DNA阵列″，且彼此互换使用。

用于本发明的基体可为本领域已知的任何类型的微阵列基体，例如电化学检测型(一般为电流检测型)、荧光检测型、化学发光型或放射性检测型。

可通过本身已知的任何方法制造任何类型的微阵列。电流检测型微阵列的情况中，例如，阴性对照探针固定区域及检测探针固定区域可排列于不同电极。

本文中的″杂交信号″是探针与其互补序列杂交后产生的信号，且总的指检测为电流值、荧光强度及发光强度的检测信号，取决于微阵列检测系统。

阴性对照探针的核苷酸序列可为任何人工随机合成的和/或选择的核苷酸序列，或者可为任何通常及自然存在的核苷酸序列。

本发明的阴性对照探针可产生本身已知的任何方法通过或可从自然存在的核酸制备。所述阴性对照探针可具有一些固定于期望基体必需的本身已知的修饰。

本发明可提供测定试剂盒，其独立提供有基体及阴性对照探针。此情况中，还可提供检测探针和/或固定剂的组合。

根据本发明，即便在将经历突变或基因重组的核酸分析物用作样品的情况中产生不期望的交叉反应，也可更精确评估背景信号水平。

本文中的检测探针可由本身已知的任何核酸构成，或者也可具有本身已知的任何特征。

本发明的第一实施方式