[发明专利]PTP1B基因突变的检测以及其在癌症诊断中的应用

说明书

技术领域

本发明涉及癌症的诊断和检测领域，具体涉及PTP1B基因突变的检测方法，检测癌症的试剂盒以及其在癌症诊断方面的应用。

背景技术

蛋白质酪氨酸磷酸化是一种重要的细胞信号调节机制，影响着细胞生长和分化、细胞周期调节、凋亡及迁移等重要生理过程。细胞内的酪氨酸磷酸化状态是随细胞功能不断变化的可逆的动态平衡，由蛋白质酪氨酸激酶(ProteinTyrosine Kinase，PTK)和蛋白质酪氨酸磷酸酶(Protein Tyrosine Phosphotase，PTP)协同维持。PTK、PTP及各自相应底物共同组成一个影响广泛的信号转导网络。一旦由于种种原因使上述两大酶家族中的关键成员的基因突变，基因敲除或蛋白质转录后修饰发生异常等都能引起正常细胞转化即癌变。

PTP1B是PTP基因家族中的一员。人类PTP1B为单拷贝基因，由PTPN1基因编码，定位于20q13.1-q13.2，基因全长约74kb，共10个外显子，其cDNA全长3318bp，编码435个氨基酸的蛋白质，分子量约为49，666Da。PTP1B在体内广泛表达，其底物蛋白包括胰岛素受体(IR)、表皮生长因子受体(EGFR)，血小板衍生生长因子(PDGFR)，胰岛素生长因子I受体(IGF—IR)以及p210Bcr—Ab1，Janus Kinase 2(JAK2)和TYK2等多种受体型PTK(RTK)。目前已知很多PTK的活性异常与肿瘤的发生直接有关联，至少有近20种PTK已经被鉴定为癌基因。近年来的研究证实，PTP1B可以通过特异性地去除PTK酪氨酸残基上的磷酸基团，改变其磷酸化状态，从而负调控多种PTK信号传导通路，影响细胞重要生理功能。

PTP1B基因的核苷酸序列见PTP1B文件所述(共3318bp)，其中包含10个外显子，分别是：Exon1：1-237bp；Exon 2：238-328bp；Exon 3：329-429bp；Exon 4：430-528bp；Exon 5：529-666bp；Exon 6：667-876bp；Exon 7：877-1038bp；Exon 8：1039-1262bp；Exon 9：1263-1458bp；Exon 10：1459-3318bp，示意如下。

我们首次在中国恶性肿瘤人群中发现PTP1B基因的丢失，即外显子不同程度的缺失引起PTP1B基因核苷酸序列的改变。这些PTP1B突变基因的发现将有助于恶性肿瘤在早期及不同病理期的精确诊断。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一类与癌症发生有关的PTP1B突变基因，其特征在于，PTP1B基因中存在突变位点，其突变位置分别是PTP1B基因238-328bp、PTP1B基因309-328bp、PTP1B基因529-666bp、PTP1B基因667-876bp、PTP1B基因778-783bp、PTP1B基因730-953bp、PTP1B基因1037-1042bp、PTP1B基因1281-1384bp，上述突变位置所缺失的序列分别如序列表SEQ ID：No1、SEQID：No2、SEQ ID：No3、SEQ ID：No4、SEQ ID：No5、SEQ ID：No6、SEQ ID：No7、SEQ ID：No8所示。

本发明的另一目的在于提供一种癌症的检测方法，该方法是检测来自于待测个体的样本中的PTP1B基因是否存在突变位点，其突变位置分别是PTP1B基因238-328bp、PTP1B基因309-328bp、PTP1B基因529-666bp、PTP1B基因667-876bp、PTP1B基因778-783bp、PTP1B基因730-953bp、PTP1B基因1037-1042bp、PTP1B基因1281-1384bp，上述突变位置所缺失的序列分别如序列表SEQ ID：No1、SEQ ID：No2、SEQ ID：No3、SEQ ID：No4、SEQ ID：No5、SEQ ID：No6、SEQ ID：No7、SEQ ID：No8所示。

其中，所述的检测方法，包括下述步骤：

1)采集待测个体的血液、体液或组织样本，提取DNA；

2)以所述DNA为模板，以针对突变位置附近编码区设计的PCR引物进行PCR反应得到PCR反应产物；

3)将得到的PCR反应产物进行直接测序分析，将所得的序列与PTP1B正常基因的标准序列进行比较，确定是否存在上述突变位点。

4)根据以上结果判断待测个体是否具有癌症相关的PTP1B基因突变。