[发明专利]一株含有基因组岛KpGI-2的肺炎克雷伯菌株

说明书

技术领域

本发明属于微生物动物细胞系领域，涉及肺炎克雷伯临床耐药菌株，具体涉及一株肺炎克雷伯临床耐药菌株携带有与细胞生长有关的新基因组岛。 

背景技术

目前，临床治疗中。医院获得性感染病人的比例日益增高，肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是导致医院感染的主要条件致病菌之一，常引起呼吸道感染、尿路感染等，并常表现为对多种抗生素耐药。治疗实践发现，不同的肺炎克雷伯临床感染菌株的感染类型、细菌耐药种类存在着很大的不同。推测这些临床感染菌株在基因水平上可能存在着明显不同，因而决定了其众多特性不同。 

近年有人提出了基因组岛的概念，认为除细菌基因组的保守骨架外，还存在着一些可变基因池，这些基因可以作为一个整体在不同菌株之间水平转移，这些可移动基因被统称为基因组岛。研究显示，基因组岛存在着一些共同的特征，包括GC含量与保守骨架序列不同，常位于tRNA基因位点后，两端通常带有保守的重复序列(Direct Repeats，DR)，常携带有编码整合酶或转座酶的基因(参与基因组岛的水平转移，位点特异性重组过程)，携带的基因片段较大通常10kb-100kb以上等。基因组岛携带的基因可以是某些与致病或耐药相关的毒力因子相关基因，也可以是与抗生素抗性、代谢等相关。基因组岛的水平移动使得细菌可以在短时间内获得新基因产生新特性，对于细菌获得致病性以及适应环境具有重要意义。 

研究显示，基因组岛也存在于肺炎克雷伯菌株中。有研究发现编码氟甲砜霉素(Florfenicol)耐药的基因floR位于一个43kb的基因组岛上，该基因组岛与肺炎克雷伯菌属中结合性质粒R55有高度同源性。Bach S等发现耶尔森菌属一个与铁转运蛋白的合成、调节有关的致病岛HPI同时也存在于肺炎克雷伯菌株中。研究认为，基因组岛的存在对于细菌致病或耐药基因的获得以及适应环境具有重要意义。同时基因组岛的存在也被认为是微生物在短时间获得进化的主要方式之一。

由于基因组岛插入宿主基因组时，常与tRNA相界。tRNA被认为是基因组岛的插入热点。欧竑宇等人利用tRNA content and context(tRNAcc)分析的方法确定了E.coli中基因组岛插入热点tRNA在基因组中的位置，并通过tRIP PCR(tRNA site interrogation for pathogenicity islands，prophages and othergenomic islands PCR)方法证实了tRNAcc分析结果。 

发明内容

本发明的目的是通过筛选肺炎克雷伯临床耐药菌株，提供一株含有新的基因组岛KpGI-2的肺炎克雷伯临床多重耐药菌株。 

本发明对51株血液、痰、尿液、伤口分泌物来源的肺炎克雷伯临床耐药菌株采用引物phe55U和phe55D进行tRIP PCR扩增，得到了一个6.4kb的基因序列，定义为基因组岛KpGI-2，将该含有新的基因组岛KpGI-2的肺炎克雷伯临床多重耐药菌株命名为HS04160。已于2008年6月25日保藏，保藏单位：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC)，北京市朝阳区大屯路，中国科学院微生物研究所，100101，保藏编号：CGMCC No.2558，分类命名：肺炎克雷伯菌Klebsiella pneumoniae。 

本发明的携带有基因组岛的肺炎克雷伯临床耐药菌株HS04160分离于一位临床尿路感染病人同时伴有白色假丝单胞菌感染，通过细菌活细胞计数试验证明KpGI-2含有的基因与细菌的生长相关。本发明实验显示，KpGI-2与肺炎克雷伯临床菌株适应新的寄生环境并进一步导致感染具有重要意义。所述的含有基因组岛KpGI-2的菌株对于肺炎克雷伯菌株的致病与耐药有着重要影响。 

本发明细胞株与肺炎克雷伯MGH78578(GenBank accession number：CP000647)基因组DNA 3.72Mb处相对应地phe tRNA位点携带有一个新的与细胞分裂、增殖有关的基因组岛，具有序列1的结构。 

所述的基因组岛KpGI-2长度为6.4kb，携带的基因与细胞生长相关。 

本发明所述的含有KpGI-2肺炎克雷伯临床耐药菌株HS04160，通过下述方法识别鉴定得到： 

1)采用tRIP PCR扩增肺炎克雷伯临床耐药菌株基因组岛； 

2)将得到的6.4kb的PCR产物进行酶切、克隆，测序； 

3)根据测序结果设计引物PCR扩增6.4kb基因片段上下游的未知序列；