[发明专利]一种作为猪标记辅助选择的与生产性状相关的分子标记的克隆及应用

说明书

技术领域

本发明属于猪的分子标记辅助选择技术领域，具体涉及一种作为猪标记辅助选择的与生产性状相关的分子标记的克隆及应用，该分子标记与PNLIPRP2基因有关，利用本发明克隆的分子标记对猪与生产性状进行关联分析。

背景技术

养猪业是我国肉类产品来源的重要支撑产业，在我国畜牧业和国民经济中有着举足轻重的地位。猪的分子遗传育种在近年来取得了很大的进展，许多影响猪生长性状、胴体性状与肉质性状的新基因被分离克隆，为现代分子生物技术应用于猪育种提供了分子遗传基础。由肥胖而带来的心血管疾病严重影响人类的健康，人们越来越关注肉类食品的脂肪含量，因此猪的育种目标由脂肪型向瘦肉型转变。所以分离克隆影响猪的重要经济性状的新基因，为加速猪新品种的选育、加快我国养猪业的发展具有及其重要的意义。

目前，将现代分子生物学与常规育种方法结合所应用最多的领域是标记辅助选择(MAS)与标记辅助导入(MAI)，它们都是借助分子标记选择某一座位基因来改变该座位基因频率的过程。近几年来，分子标记有了迅猛的发展，已经从第一代的限制性片段长度多态性标记和第二代的微卫星多态性标记发展到第三代新型分子标记一单核苷酸多态性(SNP)。SNP是指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换，以及单碱基的插入、缺失等。在特定群体中，某一种碱基即某一等位基因出现于特定位置的概率要大于1％，此位点才能称之为SNP位点，否则只能称为突变位点。根据SNP在基因组内的位置可以人为地划分为三种形式：第一种是基因编码区的功能突变，主要分布于基因编码区(cordingregion)，故又称之为cSNP；另外两种是遍布于基因组的大量单碱基变异，包括基因周边SNP(perigenicSNP，pSNP)以及基因间SNP(intergenic SNP，iSNP)。

在SNP检测技术上，一般常用的比较成熟的具有代表性的方法如下：1.RFLP.限制性内切酶是一类能识别DNA序列上的特异位点(通常为4～6bp的反向重复序列)，并在特异位点处切割的DNA酶类。对于一条DNA分子来说会产生特定大小和数目的酶切片段。基因的突变会产生或消除某些酶切位点，从而改变酶切片段的大小和数目，这些酶切片段可以通过电泳方法检测出来。因此RFLP只适于检测酶切位点处的SNPs，对于酶切位点以外的SNPs则无法检测。2.SSCP.一定条件下，单链DNA具有一定的折叠结构，这种折叠结构是由它的核苷酸序列决定的。由于基因突变，DNA分子单链的构像就会发生变化，从而在电场中具有不同的迁移率，因此可以通过电泳方法检测出来。SSCP的简单易行，仪器要求低，但“差异灵敏度”较低。另外，DNA单链在一定温度下可能有多种热温定性相近的构型，那么电泳时同一条DNA分子就可能产生多个条带，而且DNA构像对温度的改变非常敏感，所以还需要用别的方法对其进行矫正。

随着SNP技术的研究的深入，SNP已经成为进行猪基因与基因组分析的一个重要研究手段，为猪重要经济性状QTL位点的定位与优良性状的选育提供了强有力的工具，目前已经广泛应用于猪分子育种领域。对于猪胴体和肉质性状的候选基因，目前已有多例报道。激素敏感脂肪酸(HSL)是动物体内脂肪分解的关键酶，Harbitz等(1999)对8个梅山×大白祖代群体进行了HSL基因多态性分析表明：第7内含子1167处有一个Alu多态性位点，第8外显子存在G→T的碱基变异，它引起谷氨酸→天冬氨酸的变化。胰岛素样生长因子2(IGF2)基因是影响猪瘦肉量的主要候选基因。Knoll等(2000)确定了IGF2基因内含子2中G→A的突变产生了NciI酶切位点。氟烷敏感基因(Hal)是影响猪肉质的主效基因，Fujii等(1991)发现的Hal主要候选基因I型兰尼定受体基因(RYR I)存在18处SNPs，其中第1843位突变(C→T)导致蛋白受体第615位的Arg变为Cys，是导致猪应激敏感综合征(PSS)的原因。猪肌内脂肪(IMF)基因影响肉质的嫩度、风味和多汁性，心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因主要在心脏、骨骼肌细胞和乳腺细胞表达，可作为影响IMF含量的候选基因，曹红鹤等(2002)在猪H-FABP基因内发现了3个SNPs：5′上游区第1324位点T→C突变，第2内含子1811位点C→G突变，1970位点T→C突变，它们引起了三个变异酶切位点。