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[发明专利]一种基于SNP芯片的阈性状基因组育种值估计方法及应用-CN202110859235.6在审
发明人：李秀金;黄运茂;田允波 -专利权人：仲恺农业工程学院
申请日： 2021-07-28 - 公布日： 2021-10-26 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明的基于SNP芯片的阈性状基因组育种值估计方法，包括以下步骤：步骤S1，获取数据文件，并对所述数据文件进行预处理，获得可靠的预处理数据；步骤S2，对步骤S1获得的预处理数据进行SNP效应值估计，选择贝叶斯方法LD‑BayesT进行估计SNP效应，获得单个性状的所有SNP效应值；步骤S3，根据SNP效应值和候选群SNP基因型，获得单个阈性状的个体基因组育种值。本发明整合了SNP芯片信息、SNP位置信息、表型信息，根据动物的SNP信息即可对动物具有经济价值的阈性状进行基因组育种估计，用于动物的精准选种。
一种基于 snp 芯片性状基因组育种估计方法应用

[发明专利]一种SNP双通道编码方法-CN202210857188.6在审
发明人：徐雪松;赵文兵;邓泽旺 -专利权人：湖南工商大学
申请日： 2022-07-20 - 公布日： 2022-09-20 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种SNP双通道编码方法，包括：获取基因组选择的数据和SNP序列文件，数据包括SNP输入数据，根据SNP输入数据建立数据列表；SNP输入数据包括SNP编号；根据SNP编号对数据列表的列进行排序；对数据列表进行预处理；SNP序列文件包括碱基，对碱基进行编码，得到二维矩阵；根据二维矩阵得到双通道矩阵。本发明提供的这种方法将生物的SNP序列文件变成双通道的图像矩阵从一定程度上还原了生物学上的DNA序列在图像上的特征，配合一系列图像分析工具与算法可以对于不同生物的性转进行更深层次的研究。
一种 snp 双通道编码方法

[发明专利]基于生成对抗网络的SNP上位交互识别方法、系统及应用-CN202011395988.8在审
发明人：拓守恒;李超;刘凡;刘海燕 -专利权人：西安邮电大学
申请日： 2020-12-03 - 公布日： 2021-03-19 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明属于高阶SNP上位交互检测技术领域，公开了一种基于生成对抗网络的SNP上位交互识别方法、系统及应用，对抗网络，输入SNP上位模型的参数，输出是SNP组合的样本矩阵，根据SNP上位模型参数产生样本数据集；生成对抗网络对SNP上位模型进行统一的训练，识别器判别输入的SNP组合是否具有上位效应，正确输出上位效应所属的上位模型类型。本发明不同于传统的机器学习方法利用神经网络学习K‑order SNP上位交互模型。本发明可以用于从全基因组中快速识别SNP上位交互组合的方法，识别准确率高，对上位模型的没有偏好性，并且可以正确识别多种不同种类的SNP上位交互组合的模型类型，为生物科学家提供理论依据。
基于生成对抗网络 snp 上位交互识别方法系统应用

[发明专利]基于SNP多态性位点的样本识别标签筛选方法与样本识别检测方法-CN202011192800.X有效
发明人：栗海波;余伟师;梁萌萌;张斯佳;李珉 -专利权人：苏州赛美科基因科技有限公司
申请日： 2020-10-30 - 公布日： 2021-08-17 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供的基于SNP多态性位点的样本识别标签筛选方法与样本识别检测方法，涉及生物学与精准医学全基因组变异检测领域；首先根据多个样本的基因组比对与矫正数据经SNP变异检测后建立SNP人群频率数据库，再在SNP人群频率数据库中经五次筛选出检测效果好的若干SNP位点构建SNP候选标签位点集合，SNP候选标签位点集合中特定数目的SNP位点构成样本识别标签；然后统计待识别样本中所有个体按照样本识别标签中各SNP位点的分型结果构成SNP位点基因型矩阵，采用距离计算方法获得样本间距离矩阵，根据样本间距离矩阵的数据即可实现样本个体识别或样本来源判定；本发明通过样本识别标签简单高效的实现样本识别。
基于 snp 多态性样本识别标签筛选方法检测

[发明专利]与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用-CN202210023223.4有效
发明人：聂庆华;张思雨;徐海平;郭利金;徐翌斌;吴瑞权 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2022-01-10 - 公布日： 2022-07-12 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种与番鸭产蛋性状相关的RALGAPA1基因SNP分子标记及其应用，属于生物技术领域，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，包括：SNP1、SNP2和/或SNP8；其中，所述SNP1位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658560位点，等位基因为T＞G；所述SNP2位于5号染色体RALGAPA1基因内含子区域35658263位点，等位基因为G＞T；所述SNP8位于5号染色体
番鸭产蛋性状相关 ralgapa1 基因 snp 分子标记及其应用

[发明专利]一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用-CN202110234661.0在审
发明人：朱克诚;刘宝锁;张殿昌;江世贵;何铭聪;郭华阳;郭梁;张楠 -专利权人：中国水产科学研究院南海水产研究所
申请日： 2021-03-03 - 公布日： 2021-06-04 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明涉及一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用，该SNP位点位于黃鳍棘鲷MSTN1基因组序列的第819个碱基，分子标记命名为SNP‑819，其扩增分子标记为SNP‑819的引物对，SNP‑819R：5’‑GTCTCCAAAATGGGCTT‑3’，SNP‑819L：5’‑TAATCACCACACAGTCCG‑3’本发明的SNP‑819位点可应用于以快速生长为目标的黃鳍棘鲷育种材料早期筛选
一种黄鳍棘鲷生长性状相关 snp 筛选方法应用

[发明专利]用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用-CN201810981662.X有效
发明人：杜红丽;曾玉琳;蒙裕欢 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2018-08-27 - 公布日： 2020-11-24 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开一种用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用。该SNP标记包括13个SNP位点，为SNP1～SNP13，并分别表示其位于SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第201位。本发明采用高通量测序及生物信息分析等技术的优势开发出能用于快速鉴定四种常用品系(Wistar、GK、BN、SD)大鼠的SNP标记，SNP标记的应用可大大降低大鼠遗传检测成本并简化操作。
用于常用品系大鼠鉴定 snp 标记及其应用

[发明专利]一种与驴体高性状相关的SNP位点及其应用-CN201910263880.4在审
发明人：王金鹏;王长法;黄金明;杨春红;孙艳;鞠志花;高琦璨;李玉华;姜强;张亚冉 -专利权人：山东省农业科学院奶牛研究中心;聊城大学
申请日： 2019-04-01 - 公布日： 2019-06-14 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种与驴体高性状相关的SNP位点，所述SNP位点位于驴第8号染色体，位置为核酸的第42726257位，所述SNP位点为碱基A或G，所述SNP位点的AA基因型个体体高显著高于基因型为AG和GG本发明还公开了用于检测所述SNP位点的引物对、试剂盒。应用所述SNP位点和用于检测所述SNP位点的引物对、试剂盒可鉴定驴的体高性状，促进育种进程。同时该SNP位点的检出也为驴体高性状的分子标记辅助选择提供了科学依据。
性状驴体试剂盒体高引物分子标记辅助选择育种进程基因型碱基A 检测核酸检出应用

[发明专利]一种批量合并eQTL分析结果中存在连锁不平衡SNP的方法-CN202110346625.3在审
发明人：孙程明;张洁夫;胡茂龙;付三雄;郭月;陈松;彭琦;王晓东;陈峰;张维 -专利权人：江苏省农业科学院
申请日： 2021-03-31 - 公布日： 2021-07-02 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种批量合并eQTL分析结果中存在连锁不平衡SNP的方法。本发明所提供的合并eQTL分析结果中存在连锁不平衡SNP的方法基于SNP与靶基因的位置信息将其分为顺式和反式SNP，基于SNP位置信息合并相邻的SNP为一个SNP cluster，基于SNP cluster
一种批量合并 eqtl 分析结果存在连锁不平衡 snp 方法

[发明专利]一种基于全基因组序列SNP数据的快速特征选择方法-CN202110412208.4在审
发明人：刘文佳;应南娇 -专利权人：杭州电子科技大学
申请日： 2021-04-16 - 公布日： 2021-08-06 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明涉及SNP特征选择技术领域，公开了一种基于全基因组序列SNP数据的快速特征选择方法，包括以下步骤：（A）对全基因组序列数据进行预处理，获得所有SNP位点；（B）采用FFS算法，过滤无关SNP特征，保留所需要的SNP特征；（C）对步骤（B）中保留的SNP特征进行关键性程度排序；（D）根据关键性程度排序结果，筛选出显著SNPs。本发明通过SNP calling、快速特征选择、关键性程度排序，从所有SNP中筛选出显著SNPs，具有准确率高、高维样本特征选择效率高的优点，可用于致病基因、耐药基因等的定位。
一种基于基因组序列 snp 数据快速特征选择方法

[发明专利]一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片、制备方法及用途-CN201410535766.X有效
发明人：徐群;韩斌;魏兴华;黄学辉;龚浩;冯跃;袁筱萍;余汉勇;王一平 -专利权人：中国水稻研究所
申请日： 2014-10-11 - 公布日： 2015-02-04 - 主分类号： C40B40/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，该芯片包含3072个分子标记，3072个SNP分子标记是SEQIDNO.0001~SEQIDNO.3072；本发明还提供一种上述SNP芯片的制备方法，包括步骤：从水稻栽培品种重测序数据获得SNP分子标记、对SNP分子标记进行筛选和采用筛选后的分子标记设计探针制作SNP芯片；本发明还提供上述SNP芯片在水稻品种真实性和身份鉴定中的应用。本发明提供的3072个SNP分子标记组合的应用将极大提高检测准确度、缩短检测时间、大幅提升我国水稻品种鉴定技术水平。
一种用于水稻品种鉴定 snp 芯片制备方法用途

[发明专利]用于食蟹猴起源（亚群）鉴定的SNP标记及其应用-CN201710278366.9有效
发明人：杜红丽;曾玉琳;蒙裕欢;黄韧 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2017-04-25 - 公布日： 2020-04-28 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开一种用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的SNP标记及其应用。该SNP标记包括48个SNP位点，为SNP1～SNP48，并分别表示其位于SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：48所示的核苷酸序列的第61位。本发明采用生物信息技术的优势开发出能用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的48个SNP标记，对于进口食蟹猴真实起源(亚群)的鉴定，SNP标记的应用可大大降低成本和简化操作。SNP标记应用可达到快速初筛和降低检测成本的目的，从而促进食蟹猴起源(亚群)鉴定标准化进程。
用于食蟹猴起源鉴定 snp 标记及其应用

[发明专利]SNP在判断心衰类型中的用途及心衰致病原因分析系统-CN202211048324.3在审
发明人：查灵凤;谢天;李丹;刘美琳;董江涛;张洪松;周颖超 -专利权人：华中科技大学同济医学院附属协和医院
申请日： 2022-08-30 - 公布日： 2022-11-04 - 主分类号： A61B5/021 文献下载
摘要：本发明属于心衰疾病研究领域，具体公开及SNP在判断心衰类型中的用途及心衰致病原因分析系统。SNP检测物在制备检测心衰疾病致病原因产品中的应用。心衰患者致病类型分析系统，包括血压测量模组；SNP检测模组，具有检测样获取模块，SNP位点检测模块，包括SNP检测物，所述SNP检测物对基因检测样本中的SNP位点进行检测；分析模组，具有血压分析模块，用于获取血压测量模组的血压数据，SNP分析模块，用于获取SNP检测模组模组的检测数据并判断基因检测样本是否存在下述SNPI组或II组。
snp 判断心衰类型中的用途致病原因分析系统

[发明专利]一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法-CN201410220172.X有效
发明人：邓志英;田纪春;陈芳;李文静;陈建省 -专利权人：山东农业大学
申请日： 2014-05-22 - 公布日： 2014-08-06 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。
一种利用 snp 开发紧密连锁 ssr 分子标记方法

[发明专利]基于易感SNP筛查复杂疾病易感SNP组合的方法-CN201510828517.4有效
发明人：杜红丽;关宇佳 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2015-11-24 - 公布日： 2018-06-19 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明公开一种基于易感SNP筛查复杂疾病易感SNP组合的方法。本发明的方法可以迅速从大量数据中找到特定疾病的易感SNP组合。本发明采用易感SNP组合的方法旨在提供一种新的疾病风险评价的方法。易感SNP组合对于疾病风险的评估可能更优于单一易感SNP位点的风险评估效果，类似于低频突变导致遗传疾病效果。从具体实例结果看易感SNP组合的方法在复杂疾病风险预测中的效果可能会达到1，这是单个易感SNP不可能达到的效果。该方法可以应用于任何复杂疾病易感SNP组合的筛查和疾病遗传风险的预测。 1
复杂疾病筛查疾病风险评估风险评价风险预测实例结果遗传疾病突变遗传评估预测应用