本发明涉及基因工程领域，具体涉及水稻MIS2基因及其编码蛋白与应用，所述水稻MIS2基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述水稻MIS2蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。该基因的突变导致水稻株高降低，籽粒畸形、变小，同时颖壳不能咬合，而MIS2基因回补则可以使籽粒恢复正常表型。本发明发现了具有调控水稻株高和籽粒大小功能的MIS2基因及其编码蛋白，而水稻株型和籽粒性状是影响水稻产量和品质的重要性状，因此有望利用MIS2基因对水稻籽粒性状进行调控，对株型进行定向设计，以提高水稻产量
一种衍生自人分拣蛋白的分离的多肽，其包含或组成为与序列SEQ ID NO 2 Val Leu Ile Val Lys Lys Tyr Val Cys Gly Gly Arg Phe Leu Val MisArg Tyr Ser Val Leu Gin Gin Mis Ala Glu Ala Asn Gly Val Asp Gly Val Asp Ala Leu Asp Thr Ala Ser MisThr Asn Lys Ser Gly Tyr Mis Asp Asp SerAsp GluAsp Leu Leu Glu具有至少80％同一性的氨基酸序列，条件是所述多肽不包含序列SEQ ID NO 3
