本发明公开了一种基于MyoD基因鉴定鸭腿肌性状的分子标记及其方法和应用,所述分子标记为G或A,所述分子标记位于MyoD基因的第576位,所述MyoD基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。本发明利用MyoD基因内含子上第576位碱基的多态性,根据基因型对鸭的屠宰性状进行分析,发现该分子标记与鸭腿肌重相关,且具有特异性和唯一性,故可利用该分子标记鉴定鸭腿肌性状,为筛选出腿肌性状更优的鸭品种奠定基础,此外,用本方法对鸭的腿肌进行选择,还具有早期选择、节省时间、操作简单、节约成本、准确性高等优点。