本发明公开了一种定量检测鸡马立克氏病毒Meq基因缺失疫苗株和野毒株的荧光定量PCR试剂盒及其应用。所述的试剂盒中含有两套分别用于检测鸡马立克氏病毒Meq基因缺失疫苗株和野毒株的荧光定量PCR引物和探针,其中用于检测鸡马立克氏病毒Meq基因缺失疫苗株的荧光定量PCR引物序列如SEQ ID NO.1以及SEQ ID NO.2所示,探针序列如SEQ ID NO.3所示;用于检测鸡马立克氏病毒野毒株的荧光定量PCR引物序列如SEQ ID NO.4以及SEQ ID NO.5所示,探针序列如SEQ ID NO经过体外实验证明本发明的试剂盒敏感性高,特异型好,重复性好,能分别准确定量鸡马立克氏病毒Meq基因缺失疫苗株和MDV野毒株,对于鸡马立克氏病的诊断、疫苗的免疫监控等具有重要意义。