本发明公开了一种与水牛体重生长性状相关的SNP分子标记,其特征在于,包括:该分子标记位于NCBI数据库上水牛PRKAA2基因GenbankID:NC_059162.1的第40626个碱基和/或第40787碱基;所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;SEQ ID NO.1中碱基R为A或G。本发明提供一种与水牛体重生长性状相关的SNP分子标记,通过筛选与水牛体重生长性状相关的分子标记位点,丰富了水牛育种的分子标记遗传资源库。本发明提供的SNP分子标记可以单独或组合用于水牛体重生长性状相关的性状差异鉴定,有利于推进水牛育种、遗传改良和分子标记辅助选择的发展和应用。