本发明提供了一种快速鉴定杂交水稻种子纯度的方法。本发明的方法包括：(1)供试水稻种子培育成幼苗，提取幼苗基因组DNA；(2)取符合统计学要求数量的供试水稻幼苗的基因组DNA作为模板，以SEQ ID NO.1‑48所述的引物进行PCR扩增；(3)电泳观察扩增产物，真正的杂交F1带具有双亲互补的带型，有两条带；而混杂的亲本和其他常规稻种子为单带；杂交水稻种子纯度(％)＝(供试幼苗数‑异品种幼苗数)÷供试幼苗数×100％。本发明方法可大规模应用，且操作简便，整个过程在实验室内完成，完全不占用土地资源，节约土地和成本，鉴定结果准确可靠、筛选效果明显。本发明方法可在推广应用，市场价值显著。
本发明公开了一种鉴定金圆2号小冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物，所述SSR分子标记引物为XD‑18引物，所述XD‑18引物序列为：上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如本发明通过对金圆2号小冬瓜杂交种子及其亲本基因组DNA使用特性SSR分子标记引物鉴定得到能够同时具有父、母本特异性标记条带的杂种一代，鉴定过程既快速又更加准确。
