本发明提供综合控制系统及包含其的自动搬运系统。根据本发明的实施例的自动搬运系统,包括:包括至少一个第一搬运设备的设备层及构建有控制所述至少一个第一搬运设备的综合控制系统、控制对所述综合控制系统的搬运命令的物流控制系统(Material Control System,MCS)及管理实时调度器(Real‑Time Dispatcher,RTD)的应用服务器以及存储对应于述物流控制系统及所述实时调度器的动作的信息的数据库的系统层,所述设备层与所述系统层可空间分离因此,根据本发明的一个实施例的自动搬运系统中能够高效稳定地运营集成的服务器,并且能够在系统发生问题时快速处理。