本发明涉及一种耐有机溶剂糖苷酶产生菌及该菌产生的耐有机溶剂糖苷酶Fru6及其同源体和突变体,以及该耐有机溶剂糖苷酶Fru6在水相或者非水相中糖基化修饰黄酮类物质的应用和合成高品质寡糖的应用。该耐有机溶剂糖苷酶Fru6能耐受一定浓度的多种亲水性有机溶剂。本发明分离克隆到该菌所产耐有机溶剂的耐有机溶剂糖苷酶Fru6编码基因,它具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,其氨基酸序列示于SEQ ID NO:2。该耐有机溶剂糖苷酶Fru6/Fru6突变体具有强的转糖合成作用,故具有在水相或者非水相中糖基化修饰黄酮类化合物及合成寡糖等工业应用价值。