本发明公开了一种酸性环境下纤维素外切酶在乳杆菌中表达的方法,属于基因工程领域。本发明方法包括如下步骤将由SD序列、信号肽编码序列和纤维素外切酶基因组成的表达单元,通过同源重组整合到乳杆菌基因组上;优选通过同源重组将所述表达单元置换乳杆菌基因组上的热激蛋白基因。本发明方法具体可为将SEQ ID NO.4所示序列通过限制性内切酶SacI、XbaI及DNA连接酶连接到pHT01载体上;用所构建的载体转化嗜酸乳杆菌CCTCCAB96031,筛选同源重组成功的菌株。通过本发明方法可以得到酸性环境下表达纤维素外切酶的乳杆菌。本发明实现了纤维素外切酶在嗜酸乳杆菌中的酸性条件下的温控表达。