本发明涉及分子标记技术领域,具体涉及一种与油茶种子油脂中亚油酸含量相关的DNA片段及其应用。本发明所提供的与油茶种子油脂中亚油酸含量相关的DNA片段,其为位于油茶连锁图谱11号连锁群163.975cM处的yys.11‑1。本发明还提供与油茶种子油脂中亚油酸含量位点紧密连锁的SNP分子标记Chr11‑114235680,其为含有如SEQ ID NO.1所示序列第203位的多态性为C/T的核苷酸序列,可以解释9.6%的油茶种子油脂中亚油酸含量的表型方差本发明通过检测所述的SNP分子标记,在苗期对油茶种子油脂中亚油酸含量进行鉴定和辅助筛选,大大节约生产成本,提高油茶油脂性状选择育种的选择效率。