本发明提供一种噬菌体辅助的纤维寡糖转运蛋白连续定向进化系统和定向进化方法,该进化系统包含AV1质粒、AV2质粒和噬菌体,AV1质粒、AV2质粒的核酸序列分别如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8对纤维寡糖转运蛋白定向进化方法包括:将AV1质粒和AV2质粒共转化宿主菌,得到进化用工程菌;将噬菌体和步骤1获得的进化用工程菌在含有纤维寡糖的培养基中经过多轮进化培养,在多轮进化培养过程中,纤维寡糖在培养基中的浓度递减以增加筛选压力本发明设计了一种可视化噬菌体辅助持续定向进化系统,该系统包括AV1质粒和AV2质粒,采用该进化系统进化纤维寡糖转运蛋白,可以实现纤维寡糖转运蛋白的可视化高通量进化过程,并避免过多人为干预,进化效率更高更灵敏