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[发明专利]一种用于高通量受体基因筛查的新型膜蛋白酵母双杂交方法-CN201510075992.9有效
发明人：李京敬 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2015-02-12 - 公布日： 2020-03-24 - 主分类号： C12N15/81 文献下载
摘要：一种用于高通量受体基因筛查的新型膜蛋白酵母双杂交方法。本发明公开了一种膜外酵母双杂交系统及其应用，所述系统包括钓饵表达载体和猎物表达载体，所述钓饵表达载体包括钓饵表达单元序列，所述钓饵表达单元序列是将分泌信号肽编码基因序列、跨膜肽编码基因序列中的至少一种与钓饵编码基因序列以及胞内效应蛋白结构域编码基因序列融合后获得，所述猎物表达载体包括猎物表达单元序列，所述猎物表达单元序列是将分泌信号肽编码基因序列、跨膜肽编码基因序列中的至少一种与猎物编码基因序列以及胞内效应蛋白结构域编码基因序列融合后获得或者所述猎物表达单元序列是将猎物编码基因序列以及胞内效应蛋白结构域编码基因序列直接融合后获得
一种用于通量受体基因新型膜蛋白酵母双杂交方法

[发明专利]一种基因编码序列的优化方法及装置-CN201710089460.X在审
发明人：段广有;徐凤丹;金亮;廖国娟;葛毅 -专利权人：苏州金唯智生物科技有限公司
申请日： 2017-02-20 - 公布日： 2017-07-14 - 主分类号： G06F19/14 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因编码序列的优化方法及装置，方法包括生成M个基因编码序列，作为初代群体P(0)，其中，M为大于1的整数；计算当代群体中每个基因编码序列的适应度；判断是否达到终止计算条件；当未达到终止计算条件时，对第t代群体P(t)的基因编码序列进行选择、交叉和变异运算，得到第t+1代群体P(t+1)，返回执行计算当代群体中每个基因编码序列的适应度的步骤，t取0、1、2…；当达到终止计算条件时，选择适应度最大的基因编码序列作为优化后的基因编码序列本发明通过采用遗传算法对基因编码序列进行优化，对于根据用户需求设置的参数采用加权求和的方式计算基因编码序列的适应度，使得优化后的基因编码序列满足用户的需求。
一种基因编码序列优化方法装置

[发明专利]通过必需基因敲入进行选择-CN202180046858.X在审
发明人： J·A·左瑞斯;C·M·马古利斯;C-L·苏;P·唐吉;M·J·富岛;C·B·麦考利夫;C·莫内蒂 -专利权人：爱迪塔斯医药公司;蓝岩治疗有限公司
申请日： 2021-05-04 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： C12N9/22 文献下载
摘要：用于有效产生没有报告基因的敲入细胞克隆的策略、系统、组合物和方法。使用包含目的基因产物的外源编码序列(或“货物序列”)的敲入盒靶向必需基因，所述外源编码序列与所述必需基因的外源编码序列或部分编码序列在框内且在其下游(3')。不期望的靶向事件产生所述必需基因的非功能版本，本质上是敲除，通过所述敲入盒的正确整合来“拯救”所述敲除，这恢复了所述必需基因的编码区，因此产生功能性基因产物，并将所述货物序列定位在与所述必需基因的编码序列的框内且在其下游
通过必需基因进行选择

[发明专利]基于茫然传输协议的隐私保护基因序列比对方法及系统-CN202211039407.6在审
发明人：赵川;徐俊;赵圣楠;陈贞翔;杨波;荆山 -专利权人：济南大学
申请日： 2022-08-29 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开一种基于茫然传输协议的隐私保护基因序列比对方法及系统，包括：设定共享的公开随机字符串；采用独热编码对第一基因序列和第二基因序列进行编码；对第一基因序列碱基编码中的有效位选取第一随机字符串和第二随机字符串，以构成第一随机有序对，且有效位的第一随机字符串满足公开随机字符串，对非有效位选取第二随机有序对，以此得到碱基编码有序对；根据第二基因序列碱基编码中每个比特位和碱基编码有序对执行茫然传输协议，得到每个比特位的匹配结果；根据匹配结果判断第一基因序列和第二基因序列是否相等。在保护基因序列信息的同时实现基因序列的高效安全比对。
基于茫然传输协议隐私保护基因序列方法系统

[发明专利]一种基于病毒基因组序列的微小核糖核酸基因从头预测控制方法-CN201010567993.2无效
发明人：吴剑丙;王慧中;陈喆 -专利权人：杭州师范大学
申请日： 2010-12-01 - 公布日： 2011-04-13 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种基于病毒基因组序列的微小核糖核酸基因从头预测控制方法，包括以下步骤：步骤一：获取病毒基因组序列；步骤二：建立编码区序列数据库：通过将所有已知的编码蛋白的序列整理成数据库，并比对到病毒基因组序列上，获得基因组上的坐标位置；步骤三：从基因组序列内去除编码区序列，获得基因间非编码序列和编码区的反义序列，建立非编码区序列数据库；步骤四：提取非编码区序列的发卡环结构；步骤五：利用核糖核酸二级结构折叠软件生成二级结构；步骤六：计算二级结构自由能，筛选合格微小核糖核酸前体；步骤七：预测微小核糖核酸成熟体序列。
一种基于病毒基因组序列微小核糖核酸基因从头预测控制方法

[发明专利]一种非模式生物转录组基因序列结构分析的方法-CN201610519754.7有效
发明人：肖世俊;韩兆方;王志勇 -专利权人：集美大学
申请日： 2016-07-05 - 公布日： 2019-01-25 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种非模式生物转录组基因序列结构分析的方法，包括以下步骤：（1）得到最优比对结果；（2）确定有蛋白编码模式，确定翻译终止位置；（3）确定基因序列的编码起始位置；（4）利用基因模型进行分类；（5）使用转录组序列中确定编码方式的核酸序列，使用马尔科夫链训练编码蛋白的核酸序列模型；（6）确定未比对基因的蛋白编码序列的编码方式。本发明对任何非模式生物的转录组测序获得的大量的基因序列进行高通量结构分析，分析过程自动完成了转录组序列的功能注释；并且利用基于比对的高度可靠的蛋白编码核酸序列构建了马尔科夫模型和支持向量机模型，对未比对基因序列进行分析，使得序列结构分析的可信度更高。
一种模式生物转录基因序列结构分析方法

[发明专利]筛选候选插入片段的方法和系统-CN202010207885.8在审
发明人：黄慧雅;曹玉冰;刘乙齐;郭亚琨 -专利权人：北京合生基因科技有限公司
申请日： 2020-03-23 - 公布日： 2021-09-24 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明提出了一种筛选候选插入片段的方法，所述插入片段用于改造待测样本核酸序列。该方法包括：基于用于改造待测样本核酸序列的候选基因，确定初始基因编码区序列；对所述初始基因编码区序列进行同义密码子替换，以便获得由多个候选编码区序列构成的候选编码区序列集合；将所述候选编码区序列与自身、宿主基因组和病毒基因组进行比对，并确定同源性高风险区域，以便对所述候选编码区序列进行同源性风险评分；和基于所述同源性风险评分，在所述候选编码区序列集合中确定优选编码区序列子集。
筛选候选插入片段方法系统

[发明专利]编码Trx-hPTH（1-34）融合蛋白的基因序列、重组表达质粒、工程菌及应用-CN202011544089.X在审
发明人：余传信;杨建良;沈孝森;丁铁林;何军山;刘晓龙;宋丽君;杨莹莹 -专利权人：无锡和邦生物科技有限公司;江苏省血吸虫病防治研究所
申请日： 2020-12-23 - 公布日： 2021-04-13 - 主分类号： C12N15/62 文献下载
摘要：本发明一种编码Trx‑hPTH(1‑34)融合蛋白的基因序列、重组表达质粒、工程菌及应用，5’端为编码Trx肽段的基因序列，其3’端为编码hPTH(1‑34)的基因序列，编码Trx肽段的基因序列与编码hPTH(1‑34)的基因序列之间为编码连接肽的基因序列，提高Trx‑hPTH(1‑34)融合蛋白可溶性表达水平。本发明提供的编码Trx‑hPTH(1‑34)融合蛋白的基因序列、重组表达质粒、工程菌及应用，不含氨苄青霉素基因，工程菌发酵过程中不需要使用β‑内酰胺类抗生素，可降低环境污染，可溶性Trx‑hPTH(1‑
编码 trx hpth 34 融合蛋白基因序列重组表达质粒工程应用

[发明专利]基于多元熵距离法的微生物基因预测方法-CN03147763.1无效
发明人：佘振苏;朱怀球;欧阳正清;姚新秋 -专利权人：北京大学
申请日： 2003-06-24 - 公布日： 2005-01-19 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及微生物基因组序列分析、微生物基因识别、微生物物种识别等生物信息技术，包括以下步骤：a.设置部分已知编码的ORF和非编码的ORF，作为初始状态的聚类中心点；b.读取微生物DNA序列；c.从上述序列中找出所有最长的ORF，并记录它们在此序列中的位置；d.对该微生物DNA序列进行分析判别，将其分为编码序列、非编码序列和未定编码序列；e.将未定编码序列加入聚类中心点，重复步骤d，直到未定编码序列都归入到编码序列或者非编码序列；f.将分为编码序列的候选基因定为编码蛋白的基因。采用本发明地测试方法，可以方便准确地测试出基因组序列，与现有技术相比较，其测试精度明显提高，其测试方法简便易行。
基于多元距离微生物基因预测方法

[发明专利]一种获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码全序列的方法-CN201410620497.7在审
发明人：亓海刚;苗国英;李莉;阙华勇;张国范 -专利权人：中国科学院海洋研究所
申请日： 2014-11-06 - 公布日： 2016-06-01 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息和分子生物学领域，具体说是一种获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码区全序列的方法。从NCBI获得栉孔扇贝转录组表达序列，对获得的序列进行拼接组装处理，处理后获得局部比对数据库，利用已知现有生物报道的凋亡抑制蛋白序列与上述局部比对数据库进行比对获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码片段；利用上述获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码片段根据基因片段设计扩增引物YF1和YF2，获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码区序列；根据获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码区序列的5'端和3'端，设计相应的扩增引物，分别进行凋亡抑制蛋白基因编码序列的5'端和3'端延伸扩增，扩增后利用重叠片段法进行连接，获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白基因编码区全长序列。本发明提供的方法能快速经济获得栉孔扇贝凋亡抑制蛋白相关基因编码序列。
一种获得扇贝抑制蛋白基因编码序列方法

[发明专利]克隆苹果BKI1基因和苹果BKI1基因编码区序列的方法-CN201310672331.5无效
发明人：马跃;张志宏;阎忠业;吕天星;刘志;王冬梅;张景娥;王丰;张蕾;代红艳;李贺;刘月学 -专利权人：沈阳农业大学;辽宁省果树科学研究所
申请日： 2013-12-07 - 公布日： 2014-03-19 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：本发明公开了克隆苹果BKI1基因和苹果BKI1基因编码区序列的方法。苹果BKI1基因的核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，编码区序列如SEQIDNO:2所示，编码区序列编码氨基酸序列如SEQIDNO:3所示。苹果BKI1基因及其基因编码区序列的克隆方法，包括如下步骤：1）提取苹果叶片中的总DNA；2）提取苹果叶片中的总RNA反转录成cDNA；3）通过设计的特定引物对苹果的总DNA及cDNA分别进行PCR扩增反应本发明简单快捷的获取了苹果BKI1基因及其完整编码区序列，填补了该基因在苹果基因组注释上的空白，为研究苹果的矮化特性提供理论参考。
克隆苹果 bki1 基因编码序列方法

[发明专利]OsCIPK31及其编码基因在调控植物除草剂抗性中的应用-CN201610659128.8有效
发明人：李天亚;玄元虎;刘景淼 -专利权人：沈阳农业大学
申请日： 2016-08-12 - 公布日： 2019-08-30 - 主分类号： C12N9/12 文献下载
摘要：本发明公开了OsCIPK31及其编码基因在调控植物除草剂抗性中的应用。OsCIPK31为氨基酸序列是序列1的蛋白质；OsCIPK31编码基因为如下1)或2)或3)：1)编码序列是序列表中序列2的cDNA分子或DNA分子；2)与1)限定的核苷酸序列具有75％或75％以上同一性，且编码OsCIPK31的cDNA分子或基因组DNA分子；3)在严格条件下与1)限定的核苷酸序列杂交，且编码OsCIPK31的cDNA分子或基因组DNA分子。实验证明，向植物中导入OsCIPK31编码基因，植物抗除草剂能力增强，敲除该编码基因可导致植物对除草剂敏感，可以利用OsCIPK31及其编码基因调控植物的除草剂抗性。
oscipk31 及其编码基因调控植物除草剂抗性中的应用

[发明专利]基因数据的编码方法-CN201710638656.X有效
发明人：谭光明;李旭;张强祖;王炳琛;张春明 -专利权人：北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2017-07-31 - 公布日： 2021-02-02 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明提供一种基因数据的编码方法。该方法包括：对基因数据中AGCT字符及其原质量分数进行编码；基于预定的编码转换表对基因数据中除AGCT字符之外的特殊字符及其原质量分数进行编码，以获得编码之后的碱基序列和质量分数序列。根据本发明的编码方法，能够对基因数据中的碱基序列和质量分数序列进行压缩，从而节约存储空间并加快基因数据的处理速度。
基因数据编码方法

[发明专利]OsCIPK23及其编码基因在调控植物铵含量和调控植物生长中的应用-CN201610658709.X在审
发明人：李天亚;玄元虎;刘景淼 -专利权人：沈阳农业大学
申请日： 2016-08-12 - 公布日： 2016-12-14 - 主分类号： C12N9/12 文献下载
摘要：本发明公开了OsCIPK23及其编码基因在调控植物铵含量和调控植物生长中的应用。OsCIPK23为氨基酸序列是序列1的蛋白质；OsCIPK23编码基因为如下1)或2)或3)：1)编码序列是序列表中序列2的cDNA分子或DNA分子；2)与1)限定的核苷酸序列具有75％或75％以上同一性，且编码OsCIPK23的cDNA分子或基因组DNA分子；3)在严格条件下与1)限定的核苷酸序列杂交，且编码OsCIPK23的cDNA分子或基因组DNA分子。实验证明，抑制OsCIPK23编码基因的表达可以抑制植物根的生长和降低植物中铵离子含量，可以用OsCIPK23及其编码基因来调控植物铵含量和植物生长。
oscipk23 及其编码基因调控植物含量生长中的应用

[发明专利]长链非编码RNA的克隆方法-CN201510140138.6在审
发明人：沈鹤霄;华权高;徐春雷;覃勉 -专利权人：武汉华美生物工程有限公司
申请日： 2015-03-27 - 公布日： 2015-08-19 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开一种长链非编码RNA的克隆方法，所述的长链非编码RNA类型为antisense：采用的技术方案是：1)下游序列的克隆：通过基因组序列设计下游序列基因特异性引物，然后以RNA为模板进行RT-PCR，得到长链非编码RNA的下游序列；2)上游序列的克隆：通过已克隆长链非编码RNA的下游序列设计上游序列的基因特异性引物，然后以RNA为模板进行RT-PCR，得到长链非编码RNA的上游序列；3)全长长链非编码RNA的拼接：通过上游序列和下游序列拼接出完整的长链非编码RNA。本发明的长链非编码RNA的克隆方法，可以获得明确基因相关的长链非编码RNA，成本低。
长链非编码 rna 克隆方法

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