本发明公开了一种鉴别皱纹盘鲍遗传性别的分子标记及其应用。所述分子标记表现为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性;具有缺失SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为遗传雄性皱纹盘鲍。检测时,采用SEQ ID NO:2和3为引物进行PCR扩增,当所述扩增片段为252bp和240bp时,所述待测皱纹盘鲍缺失SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的基因,为遗传雄性皱纹盘鲍;当只有252bp扩增片段时,所述待测皱纹盘鲍具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,为遗传雌性皱纹盘鲍。本发明的分子标记可以简便、快速、稳定地鉴别出皱纹盘鲍的遗传性别,利于开发皱纹盘鲍的单性育种技术,发展皱纹盘鲍养殖,进一步提高养殖效益,增加皱纹盘鲍养殖的经济收益。