本发明公开了一种拮抗酿酒酵母基因组位置效应的调控元件及其应用。所述的调控元件,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明发现酿酒酵母gal80位点附近染色体存在特殊结构,可能存在非HM位点(交配型分配位点)沉默效应的其它类型的位置效应,本发明尝试在基因顺序为crtE‑crtB‑crtI合成途径两端加上TEF2的转录激活区域,结果表明,TEF2的转录激活区域确实可以拮抗gal80位点的未知位置效应,可以显著提高番茄红素的含量。同时,也表明其拮抗作用主要是阻止了位置效应对合成途径中基因转录的影响。