本发明提供水稻OsAUX5基因中与稻米必需氨基酸积累相关的InDel位点及应用,位于水稻基因组第11条染色体第3344946位处,序列如SEQ ID NO.1所示,等位基因是缺失如SEQ ID NO.2所示的序列;本发明分离克隆了控制水稻胚乳必需氨基酸含量的OsAUX5蛋白,鉴定到OsAUX5基因启动子区域上与稻米必需氨基酸含量相关的InDel位点,还发现过表达OsAUX5基因能够显著增强稻米必需氨基酸含量,其转基因阳性植株的成熟稻米必需氨基酸含量显著高于野生型,还通过杂交方式将优异的OsAUX5等位基因型导入到常规水稻品种中,转基因植物或杂交后代可以在稻米中累积必需氨基酸。