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[发明专利]检测全基因组CpG岛的寡核苷酸芯片及其应用-CN200610147474.4无效
发明人：秦颖;肖华胜 -专利权人：上海生物芯片有限公司
申请日： 2006-12-19 - 公布日： 2008-06-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及基因芯片，公开了一种检测全基因组CpG岛的寡核苷酸芯片，包括固相载体和探针，所述探针与全基因组中CpG岛及CpG岛上下游2kb区域的核苷酸序列和/或其互补序列进行杂交。本发明还公开了一种应用上述寡核苷酸芯片检测全基因组CpG岛位置的方法。本发明的寡核苷酸芯片，能高通量、快速、准确地在全基因组范围内进行甲基化和/或非甲基化DNA的CpG岛检测，为全基因组CpG岛的相关研究提供有力工具。
检测基因组 cpg 寡核苷酸芯片及其应用

[发明专利]一株含有基因组岛KpGI-2的肺炎克雷伯菌株-CN200910006605.0无效
发明人：吕元;陈楠;欧竑宇;蒋晓飞;李敏;杨泽华;魏取好;李刚;陈晓耘;邓子新;贺新义 -专利权人：复旦大学附属华山医院;上海交通大学
申请日： 2009-01-24 - 公布日： 2009-10-21 - 主分类号： C12N1/20 文献下载
摘要：本发明属于微生物动物细胞系领域，涉及一株携带有与细菌生长有关的新基因组岛KpGI-2的肺炎克雷伯临床耐药菌株HS04160。本发明通过对肺炎克雷伯临床耐药菌株的筛选，得到6.4kb的基因序列并证明其属新的基因组岛，细菌活细胞计数试验证明KpGI-2中携带的基因对细菌的生长分别具有促进/抑制作用，提示该基因组岛与细菌生长相关。所述的含有基因组岛KpGI-2的菌株对于肺炎克雷伯菌株的致病与耐药有着重要影响。
含有基因组 kpgi 肺炎克雷伯菌株

[发明专利]使用CRISPR核酸筛选细菌、古细菌、藻类和酵母的方法-CN201680030913.5在审
发明人： R·巴伦古;K·M·泽勒 -专利权人：北卡罗来纳州立大学
申请日： 2016-05-27 - 公布日： 2018-05-11 - 主分类号： C12N15/63 文献下载
摘要：本申请涉及使用CRISPR核酸来筛选细菌、古细菌、藻类和/或酵母中的必需基因和非必需基因以及可消耗基因组岛、来杀灭细菌、古细菌、藻类和/或酵母、来鉴定一种或多种基因的表型、和/或来筛选细菌、古细菌、藻类和/或酵母中的基因组大小减小和/或基因缺失。
使用 crispr 核酸筛选细菌藻类酵母方法

[发明专利]一种地衣芽孢杆菌宿主细胞及其遗传改造方法与应用-CN202010858709.0有效
发明人：路福平;孙宴清;周翠霞;张会图;李玉;刘逸寒 -专利权人：天津科技大学
申请日： 2020-08-24 - 公布日： 2023-01-13 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本发明属于基因工程领域，具体涉及通过对地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)2709进行遗传改造获得的新型宿主细胞及其改造方法与应用。所述菌株是在地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)2709的基础上，通过敲除eps、pgs、sigF、chiAB、pulA、amyA、lchAC、upp基因，并删除9个基因组岛以实现宿主细胞的基因组精简来构建的经过基因改造获得的宿主细胞有效改进了发酵生产性能及发酵过程控制。以AprE的生产为例，eps、pgs、sigF、chiAB、pulA、amyA、lchAC基因，和9个基因组岛敲除菌GR15对AprE的发酵液酶活力可高达32494±1013U/mL，高产酶时期长达16h
一种地衣芽孢杆菌宿主细胞及其遗传改造方法应用

[发明专利]DNA甲基化文库的构建方法以及DNA甲基化的检测方法-CN202111497281.2在审
发明人：罗慧娟;曹博洋;李南南;罗甜;吴逵;赵鑫 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2021-12-08 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明方法操作简便快捷、成本低，对基因组GC覆盖偏向性小，具有基因组以及CpG岛覆盖度高的特点，是一个可以很好的用于DNA全基因组(特别是尿液游离DNA全基因组)甲基化分析的技术，可以包装成建库试剂盒。
dna 甲基化文库构建方法以及检测

[发明专利]大规模并行DNA测序装置-CN201780020478.2有效
发明人： C·崔;陈成浩;P·W·莫拉;B·L·梅里曼 -专利权人：罗斯韦尔生物技术股份有限公司
申请日： 2017-01-27 - 公布日： 2021-03-12 - 主分类号： G01N33/487 文献下载
摘要：公开了一种DNA或基因组测序结构。该结构包括电极对，每个电极具有尖端形状的端部，该电极由纳米间隙隔开，该纳米间隙通过面对该尖端形状的端部来限定；在每个尖端形状的端部处或附近沉积的至少一个导电岛；以及具有两个端部的生物分子，每个端部附接到电极对中的导电岛，使得一个生物分子桥接在电极对中的纳米间隙上方，其中核苷酸与该生物分子的相互作用提供DNA的电子监测或基因组测序，而不使用荧光元件。
大规模并行 dna 装置

[发明专利]一株生产碱性蛋白酶的地衣芽孢杆菌及其应用-CN202010857565.7有效
发明人：路福平;房红磊;周翠霞;张会图;李玉;刘逸寒 -专利权人：天津科技大学
申请日： 2020-08-24 - 公布日： 2022-10-18 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：发明属于基因工程领域，具体涉及一株生产碱性蛋白酶的地衣芽孢杆菌及其应用。所述菌株采用的宿主细胞是在地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)2709的基础上，通过敲除eps、pgs、sigF、chiAB、pulA、amyA、lchAC、upp基因，并删除9个基因组岛以实现宿主细胞的基因组精简来构建的。
生产碱性蛋白酶地衣芽孢杆菌及其应用

[发明专利]一组基因组合理简约化的伯克氏菌突变株与底盘菌株及其构建方法和应用-CN202110820845.5在审
发明人：卞小莹;刘嘉琪;张友明 -专利权人：山东大学
申请日： 2021-07-20 - 公布日： 2021-11-02 - 主分类号： C12N1/20 文献下载
摘要：本发明公开了一组伯克氏菌基因组合理简约化突变株与一组基因组合理简约化伯克氏菌底盘菌株及其构建方法和其在β‑变形菌纲来源的天然产物的高效异源表达中的应用。其中所述基因组合理简约化的突变株是DT8，DT9和DT10，是连续删除转座酶、前噬菌体、基因组岛等细胞生长非必需基因，并在此基础上继续删除在该菌中本底表达的生物合成基因簇后获得。同时本发明通过在DT8，DT9和DT10基因组上定点插入phiC31attB位点构建了一组基因组合理简约化的伯克氏菌底盘菌株DT8‑attB，DT9‑attB和DT10‑attB，并实现了将所述底盘菌株应用于β‑变形菌纲中天然产物如埃博霉素的产量优化及隐秘生物合成基因簇的高效异源表达。
一组基因组合理简约伯克氏菌突变底盘菌株及其构建方法应用

[发明专利]荧光假单胞菌突变菌株的筛选方法及其在生物防治中的应用-CN201710256234.6有效
发明人：张友明;涂强;荆晓姝;于芳楠 -专利权人：山东大学;德州迈科生物技术有限公司
申请日： 2017-04-19 - 公布日： 2019-04-12 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本发明公开了荧光假单胞菌突变菌株Pf5‑NiF、Pf5‑△retS或Pf5‑△retS‑NiF，及其筛选方法和应用，利用Red/ET重组和直接克隆技术，将固氮斯氏假单胞菌DSM4166基因组中的NiF固氮基因岛整体克隆到荧光假单胞菌Pf5的基因组中，使之顺利异源表达，得到基因工程菌株Pf5‑NiF，从而使本身无生物固氮的荧光假单胞菌Pf5产生生物固氮功能；此外，基因定向无痕敲除荧光假单胞菌Pf5基因组中的retS基因，得到基因工程菌株
荧光假单胞菌基因组荧光假单胞菌突变菌基因工程菌株生物固氮固氮斯氏假单胞菌克隆筛选生物防治固氮基因杀菌活性突变菌株异源表达表达量红色素藤黄酚乙酰基敲除无痕抗生素应用基因

[发明专利]腋臭相关基因的定位方法-CN02114021.9无效
发明人：江斌 -专利权人：江斌
申请日： 2002-03-27 - 公布日： 2003-10-08 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供了以腋臭家系为研究对象的腋臭相关基因(或位点)的定位、寻找、鉴定的方法，包括寻找并确定家系，收集血标本，利用STR、SNP等遗传标记对腋臭家系进行全基因组扫描、连锁分析、关联分析，定位腋臭相关基因或位点，精确定位，确定YAC文库，利用外显子捕获法、cDNA筛选法、ZooBlotting、CpG岛法等方法寻找基因，最后对所找到的基因及其编码的可能的蛋白质进行鉴定，确定与腋臭的关系及遗传传递规律。其涉及分子遗传学、基因组学、生物信息学、生物统计学等技术方法。本发明从基因水平阐明腋臭发病的分子基础。为临床防治等提供科学依据和技术。
腋臭相关基因定位方法

[发明专利]一种用于对目标基因无痕编辑的载体及其构建与应用-CN202210653609.3在审
发明人：宋欣;李越;秦玉琪 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-06-10 - 公布日： 2022-09-02 - 主分类号： C12N15/81 文献下载
摘要：本发明公开了一种在酵母中用于对目标基因无痕编辑的质粒载体PICZαHU，是以pPICZαA为出发载体连接完整的潮霉素抗性基因hph表达盒和完整的反向筛选标记基因upp表达盒构建获得，该质粒载体的核苷酸序列如本发明还公开了所述质粒载体在球拟假丝酵母中基因组精简的基因组岛片段敲除中的应用。
一种用于目标基因编辑载体及其构建应用

[发明专利]一种利用福尔马林固定石蜡包埋样本快速构建RRBS测序文库的方法-CN202111060933.6有效
发明人：谷红仓;王云飞;车仙荣;陶宛琪;钱飞箭 -专利权人：杭州圣庭医疗科技有限公司
申请日： 2021-09-10 - 公布日： 2022-11-01 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用福尔马林固定石蜡包埋样本快速构建RRBS测序文库的方法，属于分子生物学领域，本发明包括如下步骤：步骤一，取石蜡包埋的组织样本，获得基因组DNA；用末端修饰酶加ddATP修复；步骤二，采用限制性内切酶消化基因组DNA的CpG岛；步骤三，用末端修饰酶对基因组DNA进行末端修复并在3’端加A‑Tailing；步骤四，用DNA连接酶进行甲基化接头连接，混合样本；步骤五，采用亚硫酸氢盐转化非甲基化胞嘧啶
一种利用福尔马林固定石蜡包埋样本快速构建 rrbs 序文方法

[发明专利]基于限制性酶切的CpG岛甲基化富集测序技术-CN202211525634.X在审
发明人：姜正文;方欧;王果;林芳斌 -专利权人：天昊基因科技（苏州）有限公司;上海天昊生物科技有限公司
申请日： 2022-11-30 - 公布日： 2023-04-18 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种简便且高效的甲基化测序文库构建方法，在传统的全基因组甲基化测序方法的基础上增加限制性内切酶组合酶切，实现对CpG岛尤其是甲基化修饰的CpG岛富集测序。本发明的方法降低测序成本并省去了复杂的操作，适用于针对CpG岛的甲基化的研究与应用。
基于限制性 cpg 甲基化富集技术

[发明专利]一种基因组岛预测识别系统及应用-CN201910539935.X在审
发明人：魏闻;李咏梅;王欢;党亚梅;陈雪纯;邵晓雯;吴菲 -专利权人：天津医科大学
申请日： 2019-06-21 - 公布日： 2019-09-13 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因组岛预测识别系统及应用。本发明的识别系统实验结果表明，ZIE的真阳性率(TPR)至少比其他四种常用工具高10.3%。ZIE对实验基因组岛数据的预测精度较高。总体而言，该工具提供了一个替代其他工具的解决方案，并提供一个弥补结果以提高联合预测策略的性能。
基因组岛识别系统预测图形用户界面评价指标均衡性新工具真阳性应用替代表现联合

[发明专利]用于对基因组进行压缩和解压缩的方法和装置-CN201310655168.1在审
发明人：丁建栋;严骏驰;张亚楠;龚旻;邱赟捷 -专利权人：国际商业机器公司
申请日： 2013-12-06 - 公布日： 2015-06-10 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明涉及用于对基因组进行压缩和解压缩的方法和装置。在一个实施方式中，提供了一种用于对基因组进行压缩的方法，包括：从参考数据库中选择与基因组相匹配的参考基因组；基于参考基因组中包括的多个分段在参考基因组中的位置来创建索引；基于多个分段将基因组与参考基因组进行比对，以标识基因组与参考基因组之间的差异数据；以及生成经压缩的基因组，经压缩的基因组至少包括索引和差异数据。在其他实施方式中，提供了一种用于对基因组进行压缩的装置，并提供了用于对采用上述方法和装置所压缩的基因组进行解压缩的方法和装置。采用本发明的技术方案，可以提高数据压缩率，并且在无需解压缩整个基因组的情况下访问基因组中的指定位置。
用于基因组进行压缩和解方法装置

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