[发明专利]一种肿瘤复杂克隆结构的缺失变异识别及克隆计数方法

摘要

本发明公开了一种肿瘤复杂克隆结构的缺失变异识别及克隆计数方法，首先运用缺失识别方法（如DELLY方法）确定与缺失突变相关的所有区域范围；然后针对每一个缺失区域，采用分段扩展和最长可变拆分读段的组合策略识别缺失断点，得到飘移缺失断点候选集合；接着根据断点对的数目区分飘移缺失与固定缺失，针对固定缺失，采用贪婪策略识别缺失周围混乱的单核苷酸变异位点并逐级分离各亚克隆所属的变异位点；最后获得克隆数目并依据克隆数目信息进一步优化飘移缺失识别结果。本发明（项目编号20180550161、20180550855）不仅能够识别克隆演变中的飘移缺失突变，而且能够识别克隆分化引起的单核苷酸混乱变异情况，对克隆模式的研究提供了另一种检测途径。

主权项

1.一种肿瘤复杂克隆结构的缺失变异识别及克隆计数方法，其特征在于，包括以下操作：1)以肿瘤基因测序结果作为读段比对信息，运用DELLY方法确定克隆结构中与缺失突变相关的所有区域范围，构造缺失参考序列集合Dr；同时为每个缺失区域筛选出与之相关的候选双末端读段，构造候选读段集合Rr；2)针对每一个缺失区域，采用分段扩展和最长可变拆分读段的组合策略识别缺失断点，得到飘移缺失断点候选集合；其中，通过分段扩展策略确定Rr中各缺失区域Rri的读段正确比对位置，排除克隆演变中可能引起的可变缺失断点；最长可变拆分读段采用可容错的动态规划算法寻找最大公共子串，以此确定比对位置与缺失断点；3)根据断点对数目区分飘移缺失与固定缺失；对于区分出的固定缺失，采用贪婪策略识别缺失周围混乱的单核苷酸变异位点并逐级分离各亚克隆所属的变异位点；4)获得克隆数目，并依据克隆数目信息优化飘移缺失识别结果；所述的优惠是对识别出的飘移缺失区域进行过滤，若一个区域的飘移缺失个数大于识别出来的子克隆数目k，则只输出前k个飘移缺失。