本发明提供了一种与长吻鮠生长速度相关的SNP标记及其应用,所述SNP标记包括SNP1标记和SNP2标记,核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。当SNP1位点的基因型为突变后的纯合TT、SNP2位点的基因型为突变后的纯合GG时,待测长吻鮠个体生长速度更快。选择在SNP1位点处基因型为TT个体与SNP2位点处基因型为GG的个体杂交,后代个体为快速生长类型。本发明的SNP标记与长吻鮠的生长速度紧密相关,能够在鱼苗培养早期根据育种需要选择亲本,利用本发明标记进行辅助育种,进而加快长吻鮠优良品种培养进程。