本发明公开了一种厦霉素A和氧厦霉素的生物合成基因簇及其应用。该生物合成基因簇的核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第2693~26792位的碱基序列所示,包含18个基因,具体为:负责萜类骨架合成的基因,即xiaD、xiaE、xiaF、xiaN、xiaP共5个基因;氧化还原酶基因,即xiaA、xiaB、xiaI、xiaJ、xiaK、xiaL、xiaM、xiaO共8个基因;编码调控子和转运子的基因,即xiaC、xiaG、xiaH、xiaQ、xiaR共5个基因。本发明所提供的包含厦霉素A和和氧厦霉素生物合成相关的所有基因和蛋白信息可以帮助人们理解厦霉素家族天然产物的生物合成机制,为进一步遗传改造提供了材料和知识。本发明所提供的基因及其蛋白质也可以用来寻找和发现可用于医药、工业或农业的化合物或基因、蛋白。