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[发明专利]一种大麻二酚酸合成酶序列优化的酿酒酵母菌株构建方法和应用-CN202310917540.5在审
发明人：谢玉萍;陈雨彤;胡瑾瑜;罗小舟 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-07-25 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： C12N9/02 文献下载
摘要：本发明公开了一种大麻二酚酸合成酶序列优化的酿酒酵母菌株构建方法和应用，属于合成生物学技术领域、基因工程领域。本发明以能够合成CBDA的酿酒酵母为出发菌株，通过片段置换对野生型CBDAS进行基因改造，并将CBDAS突变体与内源性的亚细胞结构定位基因融合表达，筛选得到CBDA产量提高的酿酒酵母；随后通过多重突变位点的组合，进而优化异源大麻二酚酸合成酶CBDAS的表达水平达到高产大麻二酚酸的目的。
一种大麻二酚酸合成序列优化酿酒酵母菌株构建方法应用

[发明专利]一种亚细胞结构定位的大麻二酚酸合成酶的酿酒酵母菌株构建方法和应用-CN202310852672.4在审
发明人：陈雨彤;谢玉萍;李林;刘成英;胡瑾瑜;罗小舟 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-07-12 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： C12N1/19 文献下载
摘要：本发明公开了一种亚细胞结构定位的大麻二酚酸合成酶的酿酒酵母菌株构建方法和应用，属于合成生物学技术领域、基因工程领域。本发明以能够合成CBDA的酿酒酵母为出发菌株，将特定亚细胞结构定位蛋白与CBDAS通过linker融合表达，从中筛选得到有效提高CBDA产量的亚细胞结构定位蛋白整合于同一酿酒酵母菌株中，优化了CBDAS编码基因的表达水平和CBDAS的酶活水平，大幅提高CBDA的产量。进一步的，多拷贝整合表达CBDAS，探究不同定位与单一定位的CBDAS的多拷贝表达对CBDA产量的影响，得到较单拷贝表达CBDA产量提高的重组酿酒酵母，摇瓶培养一定时间，产量达到400μM以上。
一种细胞结构定位大麻二酚酸合成酿酒酵母菌株构建方法应用

[发明专利]一株高产大麻素合成前体的酵母菌株及其构建方法和应用-CN202310892594.0在审
发明人：吴荣杰;周杰民;李林;刘成英;黎阳;胡瑾瑜;罗小舟 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-07-20 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12N1/19 文献下载
摘要：本发明公开了一株高产大麻素合成前体的酵母菌株及其构建方法和应用，属于合成生物学技术及微生物领域。本发明以酿酒酵母为宿主，筛选了参与蛋白质折叠蛋白的基因以获得提高OA/OLO产量的工程菌株，进一步的下调FAS1和MvaE酶的表达，随后在酿酒酵母基因组rDNA位点多拷贝插入基因表达盒CsAAE1‑TKS‑OACcassette，获得OA/OLO产量提高的基因工程菌株；本发明通过优化发酵体系中的底物，以己酸钠与己酸乙酯混合底物，进一步提高了OA/OLO的产量，10L发酵罐产量约10mMOA及10mM OLO，折合产量分别为2.2g/L及1.8g/L。
高产大麻合成酵母菌株及其构建方法应用

[发明专利]基于大型预训练模型的新抗菌肽及其应用-CN202310731542.5在审
发明人：曾梓硕;许薷方;罗小舟 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-06-20 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C07K7/08 文献下载
摘要：本发明公开了基于大型预训练模型的新抗菌肽及其应用，属于生物工程技术领域。本发明提供的抗菌肽AMP3、AMP6、AMP13、AMP19和AMP23具有广谱抑菌性，在开发制备抗菌剂方面具有极大的应用价值，既可以应用于养殖行业作为饲料添加剂，也可以研制成为抗菌剂和抗菌药物等，具有广泛的应用前景。
基于大型训练模型抗菌及其应用

[发明专利]合成启动子及其构建方法和应用-CN202011284753.1有效
发明人：汤红婷;邓吉良;吴燕玲;罗小舟 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2020-11-17 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了一种合成启动子及其构建方法和应用，所述合成启动子为PUAS‑TEF1或PUAS‑TDH3；所述PUAS‑TEF1包括酿酒酵母启动子PGAL1位于‑392～‑275区域的诱导元件UAS、酿酒酵母启动子PTEF1；所述PUAS‑TDH3包括酿酒酵母启动子PGAL1位于‑392～‑275区域的诱导元件UAS、酿酒酵母启动子PTDH3。其构建方法为：获得酿酒酵母启动子PGAL1中的上游激活序列UAS；然后将UAS分别融合到启动子PTEF1或PTDH3上得到。合成启动子用于在酿酒酵母中提高异源蛋白的表达量。本发明构建的合成启动子的表达活性高于目前最强启动子PGAL1。
合成启动子及其构建方法应用

[发明专利]酶动力学参数预测方法、电子设备及存储介质-CN202310626094.2在审
发明人：余函;罗小舟 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2023-05-30 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本申请提供一种酶动力学参数预测方法、电子设备及存储介质，所述方法包括：获取训练样本，使用至少一种重加权方法对训练样本中的每类样本进行重加权，其中，所述训练样本包括目标类别的目标样本；利用重加权后的训练样本训练酶动力学参数的预测模型，并使用交叉验证法确定每种重加权方法对应的预测模型的模型预测准确度；选择预测准确度最高的预测模型作为目标模型，利用目标模型对待预测的酶进行酶动力学参数预测。本申请能够辅助进行酶动力学参数预测，提高特定区间的酶动力学参数预测的准确率。
动力学参数预测方法电子设备存储介质

[发明专利]一种基于大型预训练模型的新型抗菌肽设计方法-CN202310731546.3在审
发明人：曾梓硕;许薷方;罗小舟 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-06-20 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于大型预训练模型的新型抗菌肽设计方法，属于生物信息学和人工智能的交叉领域。所述方法利用更大规模的预训练生成式模型ProtGPT2生成新型抗菌肽，生成出来的序列更能体现蛋白质中氨基酸残基间的功能和结构关系，且利用另一个大型预训练蛋白质模型来对蛋白质进行特征提取，在进行特征提取时，先用字符转换器将多肽序列转化成数字字符串，再用特征提取器将这些数字字符串转化成N×L×1024的阵列，因此只需一个判别器，简化了筛选条件，且具有较高的准确率。
一种基于大型训练模型新型抗菌设计方法

[发明专利]HMG-CoA还原酶突变体及其在生产萜类化合物中的应用-CN202380008607.1在审
发明人：黎阳;罗小舟;宁燕夏;张云丽 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-03-24 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： C12N9/04 文献下载
摘要：本发明公开了HMG‑CoA还原酶突变体及其在生产萜类化合物中的应用，属于基因工程和酶工程技术领域。利用pMG21环形人工染色体来构建HMG‑CoA还原酶突变体库，步骤简单。筛选得到的HMG‑CoA还原酶突变体可用于加强甲羟戊酸途径的代谢流量，提高了下游萜类化合物的产量。
hmg coa 还原酶突变体及其生产化合物中的应用

[发明专利]一种在酿酒酵母导入外源通路用于生产茉莉酸及衍生物的方法-CN202310550295.9在审
发明人：汤红婷;林淑敏;罗小舟;杰·基斯林 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2023-05-16 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： C12N1/19 文献下载
摘要：本发明公开了一种在酿酒酵母导入外源通路用于生产茉莉酸及衍生物的方法，属于微生物技术领域。本发明提供了一株生产茉莉酸类化合物的酿酒酵母，以生物安全性高的酿酒酵母为底盘，导入高等植物中茉莉酸类物质的合成途径，首次实现了植物激素茉莉酸及其衍生物的异源从头合成，茉莉酸产量达到11.1mg/L；且该重组酵母菌株遗传背景清晰，便于基因操作，为后续通过基因改造实现茉莉酸类物质的高产奠定重要的基础。
一种酿酒酵母导入通路用于生产茉莉衍生物方法

[发明专利]一种gRNA、质粒与引物设计系统-CN202310619371.7在审
发明人： 罗小舟;杨统见;凌路頔;谢尚波;杰·基斯林 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2023-05-30 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种gRNA、质粒与引物设计系统，属于生物信息学领域。本发明结合基于gRNA在线设计软件CHOPCHOP的开源代码、python脚本和Primer3.0，实现根据任意给定的基因组、载体针对靶点基因进行gRNA的设计、质粒及引物的设计，减少了对研究对象的限制，可以有效使用户对更多不同物种进行CRISPRi相关研究；本发明实现对单个或多个靶点基因进行批量的CRISPRi设计并直接输出包含gRNA和载体的完整质粒图谱，方便后续克隆构建时的测序数据比对以及追溯。本发明的系统实现了快速、一站式提供下游湿实验所需要的全部引物和质粒图谱，有效降低科研人员的工作效率，节约时间、经济成本。
一种 grna 质粒引物设计系统

[发明专利]蛋白质鉴定方法、电子设备及存储介质-CN202310588503.4在审
发明人：余函;罗小舟 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2023-05-22 - 公布日： 2023-08-25 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请提供一种蛋白质鉴定方法、电子设备及存储介质。所述方法包括：获取蛋白质序列；使用预训练的多个自监督模型对所述蛋白质序列进行信息提取，得到所述蛋白质序列的多个嵌入向量；根据所述多个嵌入向量以及预训练的多个分类模型，生成所述蛋白质序列的目标概率向量；根据预训练的预测模型对所述目标概率向量进行预测，得到对所述蛋白质序列的蛋白质类别的预测结果。利用上述方法，能够提高蛋白质序列的鉴定效率。
蛋白质鉴定方法电子设备存储介质

[发明专利]酿酒酵母外源启动子及其在合成生物学中的应用-CN202380008608.6在审
发明人：黎阳;罗小舟;曾梓硕;陈俞妃 -专利权人：森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-03-24 - 公布日： 2023-08-22 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了酿酒酵母外源启动子及其在合成生物学中的应用。本发明通过生物信息学结合分子生物学的方法，预测并筛选到了21个可用于酿酒酵母中的外源启动子元件，并通过分子生物学实验测定了各个启动子的强度，拓展了酿酒酵母现有启动子元件库。其中，两个启动子的强度是目前酿酒酵母中最常用的启动子GAL1p强度的2.9倍和3.2倍。这些启动子拓展了合成生物学的启动子元件库，而且有利于用来加强合成通路、提高所需化合物的产量。
酿酒酵母启动子及其合成生物学中的应用

[发明专利]酶动力学参数预测模型训练与预测方法及相关设备-CN202310627099.7在审
发明人：余函;罗小舟 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2023-05-30 - 公布日： 2023-08-11 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本申请涉及生物医药技术领域，提供一种酶动力学参数预测模型训练与预测方法及相关设备，通过在训练模型时考虑到环境因素对酶动力学参数造成的影响，从而提高酶动力学参数的预测准确率，并且训练得到的模型适用于任意酶序列和底物结构，能够提高模型的通用性与实用性。
动力学参数预测模型训练方法相关设备

[发明专利]产生大麻素和大麻素衍生物的微生物和方法-CN201880042884.3有效
发明人： J·D·凯斯林;L·德斯帕克斯;J·黄;罗小舟;M·雷特;C·登比;A·莱希纳 -专利权人：加州大学董事会
申请日： 2018-04-27 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： C12N9/10 文献下载
摘要：本发明提供了产生大麻素、大麻素衍生物、大麻素前体或大麻素前体衍生物的基因修饰的宿主细胞。本发明提供了合成大麻素、大麻素衍生物、大麻素前体或大麻素前体衍生物的方法。
产生大麻衍生物微生物方法

[发明专利]基于人工智能创制的高附加值代谢物底盘-CN202111491850.2在审
发明人： 罗小舟;邓华祥;邓艳午;余函;邱玉兰 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院;森瑞斯生物科技（深圳）有限公司
申请日： 2021-12-08 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：基于人工智能创制的高附加值代谢物底盘，属于合成生物学与代谢工程技术领域。本发明提供了采用人工智能技术，通过小样本采样，实现设计‑构建‑测试‑学习闭环式、循环式学习启动子与目标代谢物产量数据，连续驯化高附加值核心代谢流关键性基因的启动子文库，优化目标核心代谢途径资源分配，得到高产高附加值代谢物底盘。本发明还提供了基于人工智能创制的高附加值代谢物底盘的创制方法及其应用。本发明可有效解决高附加值代谢物无高通量分子探针或者分子探针筛选不稳定的问题，减少人力成本，缩短微生物代谢调控时间，消除中间产物与终产物抑制效应，增强核心代谢通量，实现高附加值化合物高效合成。
基于人工智能创制附加值代谢物底盘

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