本发明公开了一种褐藻胶裂解酶AlgFP及其制备方法和应用,其中褐藻胶裂解酶AlgFP的氨基酸序列如SEQIDNO.1所示;其制备方法为将核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的褐藻胶裂解酶基因全合成后,构建至表达载体中,然后导入毕赤酵母细胞,诱导培养并获得分泌表达的褐藻胶裂解酶;该褐藻胶裂解酶可单独用于褐藻酸及其盐类的降解制备褐藻酸寡糖;或者所述褐藻胶裂解酶与其他褐藻胶裂解酶混合使用,协同降解褐藻酸及其盐类。本发明获得的褐藻胶裂解酶对褐藻酸钠底物有较高的水解活性,摇瓶发酵产生的粗酶液即具有0.53ml(蛋白质含量约0.015mg)彻底降解1g褐藻酸钠的能力,具有良好的工业应用前景。