本发明涉及一种检测青枯菌混合菌群复合侵染的方法,以及用于检测青枯菌混合菌群复合侵染的青枯菌基因RSp1073的引物对,所述引物对的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。该方法包括参考菌株和样本菌株的DNA提取,目标基因的PCR扩增,以及测序和序列比对、分析等具体步骤。该方法可用于检测或研究多个序列变种、多个菌株共存的复合侵染状况,为后续分析单个感病植株中不同菌株的复合侵染情况提供方法,为进一步解析青枯菌的自然发生规律提供一定基础。还可以用于烟草青枯菌混合菌群中各菌株的数量鉴定,判断感染植株中青枯菌优势菌。为植株防治青枯菌尤其是用微生物菌剂防治青枯菌有重要关键作用。