本发明涉及一种高效纯化大量PCR产物的方法及其应用。具体地,本发明提供了一种纯化双链DNA的方法,其中利用用于大分子的填料通过凝胶层析方法进行纯化,特别地所采用的填料是Sepharose 6 Fast Flow。纯化的双链DNA可以用作基因敲入的修复模版,例如用于将CAR基因定点整合至T细胞以制备CAR‑T细胞。通过本发明的方法,可以大批量纯化PCR产物,纯化的双链DNA纯度高并且可有效去除PCR体系中残余的DNA聚合酶、引物和dNTP,纯化得率高(可达80%),并且操作简单,成本低,特别是洗脱液可以是PBS缓冲液、水及其他中性溶液,利于纯化双链DNA后续的应用。