本发明公开了一种水稻种子休眠性调控基因编码的蛋白,该蛋白具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列,或者该蛋白具有将SEQ ID No.2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加后但功能不变的氨基酸序列。本发明还公开了水稻种子休眠性调控基因OsAnn3。本发明还提供了一种提高水稻种子休眠性的方法和调控基因OsAnn3及其编码蛋白在提高植物种子休眠性中的应用。本发明利用调控基因OsAnn3及其编码蛋白参与水稻种子休眠调控的特点及CRISPR/Cas9基因编码的功能,使得水稻中的调控基因OsAnn3活性降低或者失活,从而获得种子休眠性得到提高的水稻株系,有利于防止水稻收获前穗发芽。