本发明属于梨分子育种技术领域,公开了梨果肉褐变性状相关的InDel‑90标记,所述InDel‑90标记位于‘满天红’ב红香酥’遗传连锁图谱中第2号染色体的第17958988~17959190bp位置,InDel‑90标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.90所示,序列全长203bp,InDel‑90标记的正向引物为5'‑GAAACATCACGTATCGGATT‑3'、反向引物为5'‑TCAACAATTACAAAAACCCC‑3';梨果肉易褐单株表现为InDel‑90标记序列的插入,梨果肉不易褐单株表现为InDel‑90标记序列的缺失。本发明设计的InDel‑90标记能够用于鉴定梨果肉是否容易发生褐变,具有良好的应用价值,可用于梨分子育种。