本发明公开了用于构建桃DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用和方法，所述SNP分子标记组合包括SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.17所示的SNP分子标记。本发明通过对360份桃种质样品的测序比对，鉴定出16658391个SNPs，对这些SNP进行过滤和筛选，获得用于鉴定种质的SNP集合。本发明利用80份桃育成品种来预测开发的SNP集合的区分效率，结果表明，本发明对育成品种的区分率可达100％。这说明，利用本发明的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。由于原始SNP数量庞大，从而保证了得到的SNP的多态性，有效提高了利用该SNP集合鉴定的准确性。
本发明公开了一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物、应用及构建方法，所述SSR引物由10对引物组成，包括如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.20所示的核苷酸序列。本发明通过对6份亲缘关系较远的种质为试材进行高深度重测序，对桃全基因组水平上的SSR位点进行检测，鉴定出141895个SSR标记位点。利用生物信息学手段分析了桃全基因组SSR位点在6份种质上的分布和多态性，获得187对多态性SSR位点。对187个位点设计出164对SSR引物，利用21个代表性品种为试材，对初始引物进行PCR扩增，从中获得10对多态性高、稳定性强、分辨率高、重复性好，非特异扩增片段少的核心引物。用10对核心引物对200份种质进行扩增，获得它们的基因型数据，区分率达到100％。
