本发明公开了一种与桃果形性状共分离的染色体倒位及其应用，涉及植物分子生物学技术。与桃果形性状共分离的染色体倒位近断点附近核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，远断点附近核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。利用倒位断点两侧核苷酸序列设计分子标记，用于育种中的标记辅助筛选，能提前筛选果形性状。所述的引物序列如SEQ ID NO.5、6……10所示。本发明具有下列优点和积极效果：①本发明揭示的S基因座大片段染色体倒位更有可能是导致桃果形发生扁平突变的关键原因；②本发明利用包含三对引物的分子标记能对个体果形性状做到精确判断或预测；③本发明找到的控制扁平果形的染色体倒位用于标记辅助选择，指导桃的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率。
本发明公开了一种控制苹果果实中柠檬酸含量的二羧酸转运体基因及其应用，涉及苹果分子遗传育种领域。控制苹果果实柠檬酸含量的二羧酸转运体基因MdTDT：基因序列如SEQ ID NO.1所示，基因编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示。其应用是：通过转基因方法提高或降低该基因表达水平以获取期望的果实柠檬酸含量的性状。本发明具有下列优点和积极效果：①鉴定到的MdTDT基因是导致苹果果实中柠檬酸含量差异的关键基因；②利用CA1‑dCAPS分子标记能预测苹果果实中柠檬酸含量高低；③利用CA1‑dCAPS分子标记可以指导苹果的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率。
本发明公开了一种控制苹果果实山梨醇含量的糖转运体基因及其应用，涉及果树分子遗传育种技术。该糖转运体基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码的蛋白质序列如SEQ ID NO.2所示；所述SNP位点的dCAPS分子标记，其上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，其下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明针对控制苹果果实山梨醇含量性状的MdSOT2基因开发了1个dCAPS分子标记，利用这个标记指导苹果的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率；本发明找到的控制苹果果实山梨醇积累的关键基因MdSOT2可以在未来通过转基因技术或者杂交育种的方法来调控果实山梨醇的含量，将会为苹果新种质的创制提供重要的遗传资源。
本发明公开了一种用于苹果果实糖含量表型筛选的SSR分子标记及其应用。本发明通过基因分型关联糖含量表型数据确定候选分子标记，成功开发了一个SSR分子标记SugarA3。利用SugarA3进行PCR扩增并结合测序确定(AG)n简单序列重复单位，据此预估果实糖含量。通过SugarA3可产生三种基因型，包括(AG)9/9、(AG)6/9和(AG)6/6 or 11，其中一个或两个(AG)9基序表明对应苹果果实中的果糖和葡萄糖含量显著低于没有(AG)9基序的苹果品种。因此，该SugarA3分子标记的应用有助于实现苹果幼苗期甜度筛选，缩短满足市场需求的优良品种育种年限，提高苹果品质育种效率。
本发明公开了一种调控水果果肉花青苷合成的基因PpRd及其应用，涉及植物基因工程和生物技术。基因PpRd核酸序列如SEQ ID NO.1所示，及其所编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示。PpRd基因的应用是①根据PpRd基因其序列设计分子标记WPS23，用于育种中的标记辅助筛选；②其表达蛋白序列及基因功能的应用，根据该基因的表达量检测筛选花青素含量相关表型，或通过转基因方法提高或降低该基因表达量以获取期望的果肉颜色性状。本发明获得一个花青苷积累的关键基因；PpRd基因用于标记辅助选择，指导桃的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率。
本发明公开了一种控制苹果果肉有机酸含量的苹果酸转运体基因及其应用，涉及苹果分子遗传育种领域。基因序列如SEQ ID NO.1所示，其编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示。其应用是①根据其序列设计分子标记，用于育种中的标记筛选；②根据该基因的表达量或转录本的序列亚型检测筛选酸度相关表型，或通过转基因方法提高或降低该基因表达量以获取期望的果肉酸度性状。本发明获得了一个决定果肉酸度的有机酸转运体基因；本发明利用了RNA‑Seq拼接结果，配合全基因组框架图的注释结果，得到的基因更加准确；在苹果培育的早期就能进行筛选，可以节约育种工作的时间，同时会提高筛选的效率。
