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[发明专利]一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310181167.1在审
发明人： 陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录细胞碎片过滤方法介质设备

[发明专利]区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备-CN202310804875.6在审
发明人：葛长利;陈哲名;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-07-03 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备，涉及生物信息技术领域。根据基因在肿瘤细胞和非肿瘤细胞中的基因表达量的差异，将肿瘤细胞中显著表达的基因进行筛选过滤，得到目标基因集，可以用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞；利用目标基因集对待测细胞进行鉴定，得到鉴定分数，群体细胞为与待测细胞属于同一组织的多个细胞，依据群体细胞的鉴定分数获得分界值，若鉴定分数大于分界值则为肿瘤细胞，若鉴定分数不大于分界值则为非肿瘤细胞，可以有效区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞。
区分肿瘤细胞基因方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组RNA污染去除方法、介质和设备-CN202310149252.X有效
发明人： 陈哲名;陈志锋;方超;韩斐然 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度由小变大的A类拐点和基因表达量变化幅度由大变小的B类拐点；取规定区间内对应基因表达量最大的A类拐点为起点拐点，对应基因表达量最小的B类拐点为终点拐点；将起点拐点到终点拐点之间的所有barcode设为背景barcode；提取背景barcode的表达谱，统计不同基因在背景barcode中的表达比例；将表达比例大于污染阈值GP的基因设定为污染基因；若存在污染基因，则判定单细胞转录组数据存在RNA污染。本发明可以分析单细胞转录组数据中是否存在背景RNA污染，便于提高后续分析的可靠程度。
一种单细胞转录 rna 污染去除方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310464136.7在审
发明人： 陈哲名;方超;韩斐然;葛长利 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-04-26 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16B35/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法，涉及生物数据处理方法。本发明能够通过生成一定量的人工双源多细胞，并针对设置好的每一邻域，统计每个真实细胞在邻域内的人工双源多细胞比例分布，确定最优邻域，然后在最优邻域下，将人工双源多细胞比例最大的若干个共有细胞认定为双源多细胞，从第一物种和第二物种的第一真实细胞表达谱中删除该双源多细胞，从而提高了多物种单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法介质设备

[发明专利]一种基于两组比较的单细胞表达模式差异评估方法、介质和设备-CN202310223978.3在审
发明人： 陈哲名 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-03-02 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于两组比较的单细胞表达模式差异评估方法、介质和设备，涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤：S101，合并对照组和处理组的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于对照组和处理组的细胞类型，并提取其表达谱；S105，计算出该细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本发明能够评估两组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标，为科学选择后续研究方向提供依据。
一种基于比较单细胞表达模式差异评估方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组濒死细胞和多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310175918.9在审
发明人： 陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录濒死细胞过滤方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组数据可用性处理方法、介质及设备-CN202310126779.0有效
发明人： 陈哲名;郎秋蕾;陈志锋 -专利权人：杭州联川基因诊断技术有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组数据可用性分析方法，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度的拐点；遍历所有拐点，将barcode分类为细胞区、空液滴区和磁珠区并统计相应的barcode数量；提取细胞区所有barcode的表达谱；统计比对上参考基因组的read数，计算细胞的平均read数；当有至少一个拐点对应的基因表达量大于G1，有至少1个拐点对应的基因表达量大于G2小于G1，且细胞区的barcode数量大于K3，空液滴区的barcode数量大于K4，细胞的平均read数大于K6时，判定样本数据可用；否则，判定样本数据不可用。本发明能系统性地分析单细胞转录组数据的可用性，在下游分析前提供数据可用性预警，节省分析人员的分析时间与精力。
一种单细胞转录数据可用性处理方法介质设备

[发明专利]一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法-CN202310083585.7在审
发明人： 陈哲名 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-02-08 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤：S101，合并多个组别的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于两个或两个以上组别的细胞类型，提取该细胞类型的共存表达谱；S105，根据所述共存表达谱计算出对应细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本法买那个能够评估多组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标，为科学选择后续研究方向提供依据。
一种基于比较单细胞表达模式差异评估方法

[发明专利]一种单细胞转录组数据可用性分析方法、介质及设备-CN202211363139.3有效
发明人： 陈哲名;郎秋蕾;陈志锋 -专利权人：杭州联川基因诊断技术有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组数据可用性分析方法，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度的拐点；遍历所有拐点，将barcode分类为细胞区、空液滴区和磁珠区并统计相应的barcode数量；提取细胞区所有barcode的表达谱；统计比对上参考基因组的read数，计算细胞的平均read数；当有至少一个拐点对应的基因表达量大于G1，有至少1个拐点对应的基因表达量大于G2小于G1，且细胞区的barcode数量大于K3，空液滴区的barcode数量大于K4，细胞的平均read数大于K6时，判定样本数据可用；否则，判定样本数据不可用。本发明能系统性地分析单细胞转录组数据的可用性，在下游分析前提供数据可用性预警，节省分析人员的分析时间与精力。
一种单细胞转录数据可用性分析方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法、介质和设备-CN202211364095.6有效
发明人： 陈哲名;陈志锋;方超;韩斐然 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法、介质和设备，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度由小变大的A类拐点和基因表达量变化幅度由大变小的B类拐点；取规定区间内对应基因表达量最大的A类拐点为起点拐点，对应基因表达量最小的B类拐点为终点拐点；将起点拐点到终点拐点之间的所有barcode设为背景barcode；提取背景barcode的表达谱，统计不同基因在背景barcode中的表达比例；将表达比例大于污染阈值GP的基因设定为污染基因；若存在污染基因，则判定单细胞转录组数据存在RNA污染。本发明可以分析单细胞转录组数据中是否存在背景RNA污染，便于提高后续分析的可靠程度。
一种单细胞转录 rna 污染鉴定方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法、介质和设备-CN202211367300.4有效
发明人： 陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-02-10 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录质量细胞过滤方法介质设备

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