本发明属于分子生物学方法鉴定动物性别的技术领域,具体涉及一种鉴别山瑞鳖性别的分子标记、引物对及其应用。基因组DNA包含如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示序列的山瑞鳖,鉴别为雌性;基因组DNA包含如SEQ ID NO:3所示序列的山瑞鳖,鉴别为雄性。基于本发明中提供的鉴别山瑞鳖性别的分子标记鉴别山瑞鳖性别的方法,该方法不受年龄和样本限制,成本低、操作简便、可进行大批量鉴定,鉴别快速、结果直观准确,避免了采用传统方法耗时长、成本高和易出错等缺点,可以快速且准确的对各个时期的山瑞鳖进行性别鉴定,可缩短育种时间、大幅提高产量和降低饲养成本;同时为野生种群救护、保育和恢复等提供鉴定手段。