本发明涉及一种能特异性产生木寡糖的耐热木聚糖酶BgXyn8A及其基因和应用。所述耐热木聚糖酶BgXyn8A氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,其编码基因BgXyn8A核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。该木聚糖酶BgXyn8A具有分解木聚糖产生低聚糖的作用,且能特异性产生低聚糖,不产生木糖,产物的组分为木二糖至木六糖及长链寡糖,还产生了大量阿拉伯糖基木聚糖和聚合度大于6的长链木寡糖,在低聚糖生产上和农林废弃物的资源化利用上拥有独特的优势。而且该酶最适温度60℃,最适pH值为6.0,常温下,在酸性、中性和碱性范围内均具有较高活性;在55℃和50℃下的半衰期分别约为20min和3.5h,在pH3.0–10.0范围内于25℃放置12h后仍能保持80%以上的酶活性,因此该酶具有很好的稳定性、适用条件温和,应用前景好。