本发明公开了一种鉴定西瓜侧枝长短的功能性分子标记CX‑5‑2及其应用，属于分子标记技术领域。所述的分子标记是由SEQ ID NO.1所示的正向引物与SEQ ID NO.2所示的反向引物以西瓜基因组DNA为模板通过PCR扩增得到。该分子标记是基于短侧枝品种的基因型序列设计的功能性分子标记，可直接应用于西瓜短侧枝品种的分子标记辅助育种中，在苗期即可准确快速的鉴定西瓜品种是否具有短侧枝性状，提高育种效率，加快育种进程，对于西瓜短侧枝品种的选育具有很好的应用价值。本发明公开的功能性分子标记有效解决了现有缺乏能够鉴别西瓜短侧枝的分子标记的问题。
本发明公开了一对控制西瓜侧枝长短的基因ClSLB/Clslb及其用途，属于生物技术领域。本发明中控制西瓜短侧枝性状的基因Clslb，全长5252bp，在短侧枝西瓜材料中表现为隐性纯合，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，控制西瓜长侧枝性状的基因ClSLB，全长5253bp，在长侧枝西瓜材料中表现为显性，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明为研究西瓜侧枝形成的分子机制、西瓜侧枝长短的分子鉴定和分子标记辅助育种提供了扎实的理论依据，并为今后西瓜短侧枝品种的选育，提高其选育的准确性，加快其育种进程具有十分重要的意义，以最终实现西瓜简约化和机械化栽培等农业实践为研究目的。
