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[发明专利]一种基于二代测序和蛋白质组学的纳米抗体生产及其应用方法-CN202211217124.6在审
发明人：高海东;方雷;武小龙 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2022-09-30 - 公布日： 2023-01-24 - 主分类号： C07K16/06 文献下载
摘要：一种基于二代测序和蛋白质组学的纳米抗体生产方法及其应用，要点是利用AP‑MS和NGS测序联合的方式生产重组纳米抗体，并借助BLAST+和V‑QUEST软件的双重比对筛选高置信度的纳米抗体序列，利用多酶酶切的手段提高质谱检测纳米抗体的CDR区域覆盖率。可以准确高通量地识别出纳米抗体的CDR区和保守区，在功能验证时针对性和目的性更强。
一种基于二代蛋白质纳米抗体生产及其应用方法

[发明专利]一种快速、高质量、通用型基因组DNA提取试剂盒及DNA提取方法-CN202210991122.6有效
发明人：高海东;江华;闵冲亚;武小龙 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2022-08-18 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速、高质量、通用型基因组DNA提取试剂盒及DNA提取方法。本发明用于提取DNA的试剂盒包括溶液A：1‑6%的CTAB、1‑6M的盐酸胍、50‑250mM的pH为8.0的Tris‑HCl、8‑50mM的pH为8.0的EDTA、0.2‑3.0M的NaCl、0.4‑3％的Triton X‑100;溶液B：10‑100mM的NaCl、3‑50mM的pH为8.0的Tris‑HCl、70%‑80%的乙醇；溶液C：TE缓冲液，pH8.0。本发明可以高效提取得到不同类型样品的纯度高且完整性好的DNA。
一种快速质量通用型基因组 dna 提取试剂盒方法

[实用新型]一种恒温存放叶绿体细胞器的装置-CN202122819937.X有效
发明人：高海东;江华 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2021-11-17 - 公布日： 2022-05-06 - 主分类号： B65D81/18 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种恒温存放叶绿体细胞器的装置，涉及叶绿体细胞技术领域，为解决现有用于存放叶绿体细胞器的装置使用不够便利，易受外界温度环境的干扰，且装置操作流程复杂易造成反应不及时导致内部恒温无法保障的问题。外体前端设置有活动门，活动门后端设置有密封条，外体一侧设置有显示屏，外体内壁两侧均设置有若干个第一滑槽和第二滑槽，若干个第一滑槽和第二滑槽之间均设置有存放槽，存放槽内设置有第一隔板，外体内顶部设置有温度感应，外体内壁一侧设置有多个冷风出口，外体内壁一侧设置有多个湿度感应，外体内壁设置有多个通风网。
一种恒温存放叶绿体细胞器装置

[发明专利]基于二代和三代测序技术的植物线粒体基因组组装方法-CN202110043700.9有效
发明人：高海东;周向阳;徐雷 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司;南京鑫普华生物科技有限公司
申请日： 2021-01-13 - 公布日： 2022-02-15 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代和三代测序技术的植物线粒体基因组组装方法，对样品DNA进行二代测序和三代测序，利用二代测序数据进行三代数据的校正；利用构建好的植物线粒体编码基因数据库，使用此植物线粒体编码基因数据库中所有参考序列比对第（3）步校正得到的三代序列数据集，获取seed序列进行下一步分析；对seed序列进行延伸，获取全长的线性线粒体基因组DNA序列，对线性线粒体基因组DNA序列进行环化，获取环状线粒体基因组DNA序列。本发明组装方法能够快速地从三代测序数据中得到完整的植物线粒体基因组序列，适用于大部分植物线粒体基因组。
基于二代三代测序技术植物线粒体基因组组装方法

[发明专利]基于二代高通量测序的哺乳动物piRNA数据分析方法-CN202110085471.7在审
发明人：高海东;周向阳;徐雷 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2021-01-22 - 公布日： 2021-10-22 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于二代高通量测序的哺乳动物piRNA数据分析方法，其步骤为：获得测序原始数据，修剪和质量控制，得到高质量的Clean Read序列，去除各种ncRNA序列和重复序列，最后比对基因组序列得到比对后的Clean Read序列，对分布信息进行判断和预测，得到待定piRNA簇，piRNA簇的校正，交集的区域来源信息作为最终的区域信息，计算piRNA簇区域总信息中的reads数量，归一化获得可靠的piRNA信息，与对应物种的基因序列信息比对后预测与可靠的piRNA信息互补的基因，通过筛选得到待定piRNA靶基因信息。本发明只需要提供二代small RNA测序数据，便能够自动化地完成分析任务，输出详细的靶基因分析结果，简单高效。
基于二代通量哺乳动物 pirna 数据分析方法

[发明专利]一种植物线粒体基因组结构注释方法-CN202011623238.1在审
发明人：高海东;周向阳;徐雷 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2021-05-11 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明适用于植物线粒体技术领域，提供了一种植物线粒体基因组结构注释方法，包括以下步骤：S1、使用植物线粒体基因组序列和相应软件分别进行编码序列(CDS)、开放阅读框(ORF)、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)的注释；S2、编码序列(CDS)同源注释；S3、开放阅读框(ORF)注释；S4、转运RNA(tRNA)注释；S5、核糖体RNA(rRNA)注释；S6、融合S2、S3、S4和S5的注释结果，获取植物线粒体基因组的结构注释和功能注释结果，并生成genbank和tbl格式的植物线粒体基因组结构注释和功能注释文件；该注释方法能够快速地从完整的植物线粒体基因组中获取详细的注释信息，适用于大部分植物线粒体基因组，从而推动基于线粒体数据在相关领域的研究和应用。
一种植物线粒体基因组结构注释方法

[发明专利]一种基于NGS测序技术精准组装叶绿体基因组的方法-CN202011317707.7在审
发明人：高海东;姜传北 -专利权人： 南京集思慧远生物科技有限公司;南京鑫普华生物科技有限公司
申请日： 2020-11-23 - 公布日： 2021-03-12 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于NGS测序技术精准组装叶绿体基因组的方法，步骤如下：S1、利用illumina测序技术对样品进行测序；S2、下载NCBI数据库中所有叶绿体基因组序列构建本地参考数据库；S3、将测序数据比对步骤2构建的数据库，筛出叶绿体数据；S4、使用spades软件对步骤S3得到的数据进行初步组装，得到contigs序列；S5、将步骤S4得到的contigs序列进行自身比对，将有相似性的contigs去冗余；S6、对剩余的contigs序列挑选最长的1条进行reads比对迭代延伸，在延伸过程中将检测到有overlap的contigs进行融合，形成新的contig；本发明克服了叶绿体基因组获得周期长、难度大、不经济等问题，解决了在组装技术上不完整、不精确等问题，对叶绿体基因组的研究就有经济、高效、普适性等特点。
一种基于 ngs 技术精准组装叶绿体基因组方法