本发明公开了一种平鲷SNP分子标记的多态性引物,所述多态性引物为18对,18对引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1~36所示,18对引物用于扩增的平鲷SNP分子标记为36个,编号依次为RSSNP1~RSSNP36,所述RSSNP1~RSSNP36位于如SEQ ID NO:37~54所示的序列中,还公开了上述引物在平鲷遗传多样性分析中的应用。本发明首次在平鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP分子标记,并筛选出了18对多态性引物,为平鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种,增殖放流等研究提供了高效的分析技术工具;本发明所使用的开发SNP标记的方法,简便、快捷、高效,节约了人力和成本。