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[发明专利]一种利用糖苷酶和氧胺化合物修饰DNA的方法-CN202110088599.9有效
发明人： 于涵洋;杨锦滔;李喆 -专利权人：南京大学
申请日： 2021-01-22 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： C07H21/04 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用糖苷酶和氧胺化合物修饰DNA的方法，包括如下步骤：固相合成带有非典型碱基的DNA链；该带有非典型碱基的DNA链在选择性识别非典型碱基的糖苷酶的催化下，反应产生带有缺碱基位点的DNA链；带有缺碱基位点的DNA链与氧胺化合物反应，生成带有化学官能团修饰的DNA。该方法可以实现对DNA进行多样化定点修饰，对功能DNA的碱基结构‑功能关系进行研究，构建更强活性的功能DNA。本方法简单易用，可以降低修饰的成本，减少修饰所需的时间；修饰后的功能DNA活性更高，能够为生物技术和疾病诊疗提供更好的工具分子。
一种利用糖苷酶化合物修饰 dna 方法

[发明专利]一种基于非天然核酸适体的PROTAC的制备方法及其在三阴性乳腺癌治疗中的应用-CN202211119800.6在审
发明人：李欣彤;于涵洋;管晓翔;张泽;魏东瀛 -专利权人：江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）
申请日： 2022-09-15 - 公布日： 2022-12-16 - 主分类号： A61K47/54 文献下载
摘要：本发明属于非天然核酸筛选和乳腺癌靶向治疗领域，尤其涉及一种基于非天然核酸适体的PROTAC（PROteolysis‑TArgeting Chimera）的制备方法及其在三阴性乳腺癌治疗中的应用。本发明首先利用体外筛选技术鉴定出能够结合c‑Myc/Max二聚体的苏糖核酸(TNA)适体，连接天然结合c‑Myc的E box DNA序列，形成二价亲和分子，进一步连接泛素连接酶E3的配体，构建TNA适体‑E box‑E3配体复合物（TEP），该复合物特异性诱导c‑Myc降解。当与palbociclib联用时，TEP高效抑制了三阴性乳腺癌小鼠中肿瘤的生长。与现有的小分子抑制剂比较，本发明中的基于非天然核酸的PROTAC分子亲和性更高，在使用剂量更小的情况下，仍具有高效的抗肿瘤效果。TNA的引入增强了复合物的亲和力、生物稳定性和靶向性，更适用于体内应用，为TNBC的靶向治疗提供了新的策略。
一种基于天然核酸 protac 制备方法及其阴性乳腺癌治疗中的应用

[发明专利]一种基于化学修饰后的脱氧核酶成像活细胞内镁离子的方法-CN202211171658.X在审
发明人： 于涵洋;李喆;陈思琪 -专利权人：南京大学
申请日： 2022-09-26 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于化学修饰后的脱氧核酶成像活细胞内镁离子的方法。属于金属离子成像技术领域，步骤：对脱氧核酶10‑23进行化学修饰，筛选获得在其催化环8号位点修饰羧基(Ca)12号位点修饰苯环(Bn)的脱氧核酶10‑23(CaBn)；进行生物化学表征及对比；构建响应镁离子的荧光传感器；对其性能进行表征；应用于活细胞中进行细胞内镁离子的成像。对比野生型，本发明在更低浓度的镁离子条件下也能催化切割反应；故由其构建成的荧光传感器可更加有效地在体外对更低浓度的镁离子进行荧光响应，检测限达到0.03mM；此外，该荧光传感器可在活细胞内对细胞内源性镁离子进行荧光成像，为分子生物学领域提供了一种新的分子工具。
一种基于化学修饰脱氧成像细胞内离子方法

[发明专利]一种基于DNA模板的长链TNA合成方法-CN202210322009.9在审
发明人： 于涵洋;郭佳杰;张泽 -专利权人：南京大学
申请日： 2022-03-30 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： C12P19/34 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于DNA模板的长链TNA合成方法。该方法属于非天然核酸合成技术领域，具体步骤：获得DNA模板及对应引物；配置TNA引物延伸的反应体系；特定温度下进行以DNA为模板的TNA引物延伸反应；取小部分反应产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)实验，检验引物延伸反应是否成功进行；TNA产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳实验，分离模板DNA和TNA，切胶回收TNA。相比于固相合成，本发明可以有效地合成长达300nt的TNA，大幅提高了TNA合成的长度上限，并降低了合成的成本。为较长的TNA合成提供了优良的合成方式，支持了TNA在分子生物学中的研究和应用。
一种基于 dna 模板 tna 合成方法

[发明专利]一种基于毛细管电泳筛选非天然核酸适体的方法-CN202010319823.6有效
发明人： 于涵洋;郑鹏;连恩晓 -专利权人：南京大学
申请日： 2020-04-22 - 公布日： 2022-04-22 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于毛细管电泳筛选非天然核酸适体的方法，包括以下步骤：首先合成初始DNA分子随机文库和引物，然后进行循环筛选。在每一轮筛选里，采用引物延伸的方法获得非天然核酸文库，以CTLA‑4为靶蛋白，将非天然核酸文库与靶蛋白共孵育，利用CE‑LIF方法分离结合靶蛋白的非天然核酸分子，然后进行逆转录和PCR扩增，获得富集DNA分子文库，并应用于下一轮筛选。如此重复筛选若干轮，对富集DNA分子进行测序，可推断得到非天然核酸分子的序列信息。最后制备单链非天然核酸分子，测试其与靶蛋白结合的亲和力，获得有特异性的非天然核酸适体。本发明方法能够高效筛选出高亲和力和稳定性的非天然核酸适体，有利于提高功能性核酸在生物环境下的作用效果。
一种基于毛细管电泳筛选天然核酸方法

[发明专利]一种通过体外筛选产生对RNA进行可变剪接分子工具的方法-CN202111561034.4在审
发明人： 于涵洋;李喆;孙昕;魏东瀛 -专利权人：南京大学
申请日： 2021-12-15 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： C12Q1/25 文献下载
摘要：本发明公开了一种通过体外筛选产生对RNA进行可变剪接分子工具的方法。属于生物医药领域，具体步骤：利用脱氧核酶对前体mRNA进行可变剪接，产生两个待连接片段；利用具有RNA连接活性的脱氧核酶对片段进行连接，形成成熟的RNA，验证脱氧核酶进行体外剪接的可行性；利用具有RNA切割活性的脱氧核酶切除目的前体信使RNA的一个内含子，产生两个待连接的RNA片段；通过体外筛选的技术手段获得具有RNA连接酶活性的苏糖核酸酶；利用苏糖核酸酶连接两个外显子，产生有功能的信使RNA；苏糖核酸酶较天然核酸酶具有稳定性好，不易降解，安全低毒等优点。本发明有效地实现RNA的剪接，为治疗由RNA剪接错误导致的疾病提供一种分子工具。
一种通过体外筛选产生 rna 进行可变剪接分子工具方法

[发明专利]一种基于TNA分子的细胞内镁离子成像的方法-CN202111533253.1在审
发明人： 于涵洋;李喆;高明媚;王月瑶 -专利权人：南京大学
申请日： 2021-12-15 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： C12Q1/6825 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于TNA分子的细胞内镁离子成像的方法。属于金属离子成像技术领域，具体步骤：体外筛选镁离子依赖的具有RNA切割活性的TNA分子；对筛选获得的TNA分子序列进行活性测试及截短分析；选择其中活性最高的TNA分子进行生物化学表征；将TNA分子切割体系构建为镁离子荧光传感器；在体外缓冲液中验证该荧光传感器的性能；将该传感器转染至细胞中进行体内镁离子的成像。本发明可以有效地在体外对不同浓度的镁离子进行荧光响应，检测限达到0.35mM，并且可在活细胞内对镁离子进行荧光成像，比利用天然核酸进行检测的方法更稳定，更耐核酸酶的降解，为分子生物学提供了新的工具。
一种基于 tna 分子细胞内离子成像方法

[发明专利]一种核酸适体及其应用-CN202210058295.2在审
发明人： 于涵洋;闫超;王瑶;张杨 -专利权人：南京大学
申请日： 2022-01-19 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： C12N15/115 文献下载
摘要：本发明涉及一种核酸适体及其应用，所述核酸适体为能够特异性地识别膀胱肿瘤细胞，并且能够内化进入膀胱肿瘤细胞内的核酸适体。该核酸适体的特异性、内化力以及稳定性均好，可以用作检测及标记肿瘤细胞的分子工具，还可将该靶向性较强的核酸适体与具有治疗效果的药物结合应用，可定向作用于肿瘤细胞中，提高对肿瘤细胞的治疗效果，减少了目前抗肿瘤药物特异性不强而导致的毒副作用，综合应用前景佳。
一种核酸及其应用

[发明专利]一种核酸适配体整合的环状单链DNA的制备方法及其在DNA折纸术中的应用-CN202110422936.3在审
发明人：李喆;史野;陈小星;汪倩;于涵洋 -专利权人：南京大学
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2021-08-20 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种核酸适配体整合的环状单链DNA的制备方法及其在DNA折纸术中的应用。属于DNA纳米技术及生物学应用领域，主要步骤包括：(1.1)、构建含有核酸适配体序列的环状双链重组噬菌粒；(1.2)、将构建的环状双链重组噬菌粒转化大肠杆菌感受态细胞；提取具有核酸适配体整合的环状单链DNA。本发明所述的一种核酸适配体整合的环状单链DNA的制备方法可以设计和生产由用户自定义的骨架链序列，以在用户定义的位置添加各种功能序列，并且突破了传统DNA折纸结构功能化的效率和稳定性低的问题。
一种核酸适配体整合环状 dna 制备方法及其折纸中的应用

[发明专利]一种外泌体内多种miRNA特异性检测方法-CN202011404585.5在审
发明人：李喆;廖礼兵;于涵洋 -专利权人：南京大学
申请日： 2020-12-04 - 公布日： 2021-04-20 - 主分类号： C12Q1/6841 文献下载
摘要：本发明公开了一种外泌体内多种miRNA特异性检测方法，包括如下步骤：构建非天然核酸框架探针结构；将所述非天然核酸框架探针结构与外泌体样品共孵育，通过荧光分析检测多种miRNA。该结构可以实现对外泌体内多种miRNA的特异性检测：将非天然核酸框架探针与外泌体共孵育，前者进入外泌体后可对多种miRNA进行检测。在无目标miRNA的环境中，纳米夹子保持关闭，无荧光信号；当检测到目标miRNA时，夹子打开并产生荧光信号。本方法可以有效地原位检测外泌体内miRNA，避免对外泌体结构的破坏；可以同时检测多种miRNA，提高检测的效率；并具有抗酶降解等特性，可应用于临床外泌体诊断。
一种体内多种 mirna 特异性检测方法

[发明专利]一种基于纳米孔对非天然核酸直接测序的错位测序方法-CN201811284679.6有效
发明人： 于涵洋;黄硕;李欣彤;阎双红 -专利权人：南京大学
申请日： 2018-10-31 - 公布日： 2021-02-09 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于纳米孔对非天然核酸直接测序的错位测序方法，包括以下步骤：(1)通过固相合成非天然核酸待测序链，通过酶促连接的方法，将非天然核酸待测序链与DNA引导测序链连接起来，作为完整的待测序链；(2)制备具有单分子分辨能力的纳米传感孔道；(3)将待测序链和DNA引物混合，变性退火构建测序文库，然后与核酸聚合酶一起加入纳米孔的cis室，在电场力作用下核酸链通过纳米孔，读取核酸链过孔时产生的电信号，解析信号得到序列。相对于现有技术，本发明利用低成本的、高效的纳米孔测序方法，首次对连续非天然核酸链实现直接测序。
一种基于纳米天然核酸直接错位方法

[发明专利]基于非天然核酸纳米镊子的特异性检测技术在活细胞mRNA检测中的检测方法及其应用-CN201911028300.X在审
发明人：李喆;彭劲;于涵洋 -专利权人：南京大学
申请日： 2019-10-28 - 公布日： 2020-02-07 - 主分类号： C12Q1/6841 文献下载
摘要：本发明公开了基于非天然核酸纳米镊子的特异性检测技术在活细胞mRNA检测中的检测方法及其应用。首先非天然核酸单链通过碱基互补配对形成打开的纳米镊子结构，其中一条单链的5’与3’端分别标记荧光基团。然后利用非天然核酸稳定性高的特点，在细胞内使用纳米镊子检测mRNA分子；当存在目标mRNA分子时，纳米镊子的单链部分将与之进行互补配对，从而关闭纳米镊子，使荧光基团之间发生能量共振转移，通过光学信号的变化达到检测效果。最后加入燃料单链使纳米镊子恢复打开状态，使之可以进行下一轮检测。本发明高灵敏度的细胞无损检测。基于荧光共振能量转移的纳米镊子，具有极高的检测灵敏度，检测速度快，且具有良好的生物相容性，可直接进入细胞进行无损检测。
纳米镊子非天然检测单链无损检测细胞荧光共振能量转移标记荧光基团碱基互补配对核酸稳定性检测灵敏度生物相容性特异性检测高灵敏度光学信号核酸单链互补配对目标mRNA 荧光基团活细胞共振核酸燃料应用恢复

[发明专利]一种序列及长度定制化的环状单链DNA的制备方法及其在DNA折纸术中的应用-CN201810581512.X在审
发明人：李喆;陈小星;汪倩;于涵洋 -专利权人：南京大学
申请日： 2018-06-07 - 公布日： 2018-10-26 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种序列及长度定制化的环状单链DNA的制备方法及其在DNA折纸术中的应用，本发明的一种序列及长度定制化的环状单链DNA的制备方法，包括如下步骤：(1)设计并合成环状的双链重组噬菌粒；(2)重组噬菌粒转化大肠杆菌，并通过辅助噬菌体侵染，制备对应形式的环状单链DNA；(3)以制备的ssDNA作为骨架链分别组装不同的折纸结构，并通过原子力显微镜成像进行表征。本发明的方法不针对某种特定的DNA，可以根据应用需求设计出多种具有不同碱基序列及长度的单链DNA，从而实现定制化。
制备环状单链长度定制重组噬菌粒原子力显微镜大肠杆菌辅助噬菌体合成环状碱基序列应用需求单链DNA 定制化骨架链侵染双链折纸成像应用组装转化

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