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[发明专利]一种批量板式硅胶吸附柱提取血液基因组DNA的方法-CN201811362548.5有效
发明人：辛文斌;孙子奎;丁方美;王锋 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2018-11-15 - 公布日： 2022-07-12 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种批量板式硅胶吸附柱提取血液基因组DNA的方法，其特征在于，包括血液预处理步骤和基因组DNA提取步骤。本发明的有益效果在于：本方法主要用于从人或哺乳动物血液中提取基因组DNA，抽提出的DNA可直接用于PCR、酶切等分子生物学相关实验。本发明的方法针对性强，操作方便简洁，通量高，且硅胶柱回收基因组DNA效率高、纯度高。
一种批量板式硅胶吸附提取血液基因组 dna 方法

[发明专利]基于sanger测序测重组HPV腺病毒基因组的方法-CN201611022552.8有效
发明人：陈升;丁方美;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-11-15 - 公布日： 2020-08-18 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本发明公开的一种基于sanger测序测重组HPV腺病毒基因组的方法，其包括如下步骤：S1、病毒DNA提取；S2、根据NCBI数据库中已知的重组HPV腺病毒序列设计覆盖线粒体全长的引物对，对病毒DNA进行PCR扩增；S3、回收PCR扩增产物；S4、对所述回收产物进行测序；用Seqman序列拼接软件对测得的序列根据引物对与引物对之间的序列重叠区进行拼接，组装得到重组HPV腺病毒基因组全序列。本发明通过对重组腺病毒载体的全基因组测序，从碱基序列上保证了重组质粒的准确性，进而确保了疫苗生产的安全性问题。
基于 sanger 测序测重组 hpv 病毒基因组方法

[发明专利]一种用于鉴定米象、玉米象和谷象的方法-CN201611007791.6有效
发明人：陈升;张燕;丁方美;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-11-16 - 公布日： 2019-07-19 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开的一种用于鉴定米象、玉米象和谷象的方法，其特征在于，其在得到米象、玉米象和谷象的COI基因序列的基础上，找出它们之间的非同源区域，根据非同源区域序列设计如下三对特异性引物，经这些特异性引物扩增后，根据最终获得的电泳条带的有无或条带大小的不同区分三者。本发明简化了传统分类鉴定技术步骤，解决了测序成本高等问题，提供的PCR引物方法不仅能提高米象、玉米象和谷象鉴定的效率和准确性，而且操作简便快捷，适合于鉴定米象、玉米象和谷象，具有重要的理论意义和应用价值。
一种用于快速鉴定玉米象谷象方法

[发明专利]一种基于sanger测序快速鉴定人体真菌的方法-CN201811386212.2在审
发明人：辛文斌;孙子奎;丁方美;王锋 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2018-11-20 - 公布日： 2019-05-07 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于sanger测序快速鉴定人体真菌的方法，其特征在于，包括DNA提取和质检步骤、引物设计和合成步骤、PCR扩增步骤、PCR产物纯化步骤、PCR产物纯化步骤、测序步骤、数据处理步骤。本发明的有益效果在于：可以通过特异的引物把具体的物种的基因序列扩增出来，并通过测序验证比对，一一对应，准确率几乎接近百分之百。而且只需要提取一定的菌落提取DNA后保存，避免了在培养过程中产生交叉污染，导致误判。本方法相比其他方法，方便、快捷、准确性高。
快速鉴定真菌测序数据处理步骤合成步骤基因序列交叉污染引物设计提取DNA 误判菌落准确率比对扩增引物质检验证物种保存

[发明专利]一种唾液、口腔拭子基因组DNA保护液-CN201811362549.X在审
发明人：辛文斌;孙子奎;丁方美;王锋 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2018-11-15 - 公布日： 2019-03-26 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种唾液、口腔拭子基因组DNA保护液，其特征在于，其特征在于，按1升的浓度计，包括如下组分：SDS(十二烷基硫酸钠)0.10～0.2％；NaCL 0.90％；Tris(三羟甲基氨基甲烷)5～15mM；EDTA 20～25mM；蛋白酶K 150‑160mg。该唾液、口腔拭子保存液以SDS、Tris‑HCl、EDTA、NaCl和蛋白酶K为主要成分，可用于唾液保存。NaCl可以维持细胞渗透压，SDS表面活性剂在蛋白酶K作用下可以破坏蛋白成分抑制细菌的滋生，容易引起DNA的降解；Tris‑HCl、EDTA可以保护游离DNA。本发明的DNA保存液是一种针对口腔拭子保存的保存液，其可以较好的保存口腔细胞；其更加卫生，不易滋生细菌；且保存时间长比信封长3‑5倍；制备方法简单，具有较好的社会价值。
唾液拭子口腔蛋白酶K 保存基因组DNA 保存液保护液细菌三羟甲基氨基甲烷十二烷基硫酸钠表面活性剂细胞渗透压成分抑制口腔细胞游离DNA 浓度计降解可用制备蛋白信封卫生

[发明专利]基于sanger测序人线粒体基因组的方法-CN201510863948.4有效
发明人：孙子奎;王锋;丁方美;李嫦娥;方婉 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2015-12-01 - 公布日： 2019-02-12 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于sanger测序人线粒体基因组的方法，所述方法包括如下步骤：人总DNA提取；根据NCBI数据库中已测出的人线粒体序设计覆盖线粒体全长的引物对，对人总DNA进行PCR扩增；回收PCR扩增产物，获得人线粒体特定的基因片段；对所述基因片段进行测序；用CExpress对测得的序列根据引物对与引物对之间的序列重叠区进行拼接，组装得到人线粒体全序列。本发明只需提取人总DNA，避免了提取较高纯度mtDNA繁琐的实验操作过程，然后根据NCBI数据库中已测出的人线粒体序列设计覆盖线粒体全长的引物对，对总DNA进行扩增，得到线粒体特定的基因片段，进行测序，减少了对于总DNA测序的数据量。
基于 sanger 测序人线粒体基因组方法

[发明专利]多糖多酚植物基因组的提取方法-CN201510829928.5有效
发明人：孙子奎;王锋;丁方美;李嫦娥;刘艳艳 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2015-11-25 - 公布日： 2018-09-11 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种多糖多酚植物基因组的提取方法，步骤为：取植物材料研磨后加入核酸分离缓冲液和2‑巯基乙醇，混匀后置水浴中；离心机中离心后弃上清；加入1×PBS溶液，研磨仪上震荡混匀，离心后弃上清；向沉淀中加入预热的3×CTAB裂解液并混匀，水浴裂解；加等体积酚/氯仿/异戊醇混合液，混匀，离心；取上清，加入等体积氯仿/异戊醇混合液，混匀，离心；取上清，加入NaCl和冰异丙醇，混匀，沉淀1～3小时；取出离心后，将沉淀用乙醇洗涤，风干后加TE溶解，即完成提取。本发明能有效去除多糖多酚，减少糖和酚类物质对核酸提取的影响，提高DNA的质量和浓度。
多糖植物基因组提取方法

[发明专利]一种微生物基因组DNA的提取方法-CN201510617313.6有效
发明人：孙子奎;丁方美;王锋;刘艳艳;范伟兵;江畅 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2015-09-24 - 公布日： 2018-06-19 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种微生物基因组DNA的提取方法，步骤如下：(1)收集样本菌体，加入STES缓冲液重悬，加入玻璃珠，以TE缓冲液溶解；(2)加入等体积酚/氯仿溶液，震荡混合后第一次离心；(3)向第一次离心后的上层水相中加入等体积氯仿/异戊醇溶液，混合后第二次离心；(4)向第二次离心后的上层水相中加入等体积异丙醇或两倍体积无水乙醇，室温下沉淀，第三次离心，收集沉淀；(5)对沉淀使用乙醇洗涤，再次离心得到DNA沉淀，使用无菌水溶解DNA沉淀，进行磁珠纯化，得到所提取的微生物基因组DNA。使用本方法提取得到的基因组DNA具有浓度高、条带单一、无污染的优点，满足三代测序的要求。 1
微生物基因组DNA 沉淀溶解分子生物学技术上层酚/氯仿溶液体积异丙醇基因组DNA 磁珠纯化方法提取无水乙醇乙醇洗涤震荡混合玻璃珠无菌水异戊醇测序菌体氯仿条带重悬样本

[发明专利]一种宏转录组文库的建库方法-CN201610984532.2在审
发明人：陈叶;潘小宝;丁方美;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-11-09 - 公布日： 2017-04-19 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明公开的一种宏转录文库的建库方法，其特征在于，在RNA提取完成后，先用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物的mRNA，mRNA产物在‑80℃保存以备后用，且将没有被Oligo(dT)的磁珠富集的其他RNA样品依次完成真核生物rRNA的去除和原核生物rRNA的去除，剩余产物‑80℃保存以备后用。将两次富集放入产物混合、纯化以及加入随机引物片段化，第一链的mix以及逆转录酶的共同作用下合成第一链(cDNA链)，然后加入第二链合成mix的完成第二链合成，再在3’加poly(A)，连接接头，进行PCR扩增，再进行凝胶片段选择，最后需要对文库进行检测。
一种转录文库方法

[发明专利]一种富含多糖类微生物基因组DNA的提取方法-CN201610984531.8在审
发明人：刘艳艳;潘小宝;丁方美;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-11-09 - 公布日： 2017-01-25 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开的一种富含多糖类的微生物基因DNA的提取方法，包括如下步骤1)取适量菌体，加入核酸分离缓冲液和2‑巯基乙醇，置水浴中混匀；2)取出离心，吸出上清；3)加入PBS溶液，震荡离心，吸弃上清；重复1次；4)加入PBS溶液，用手震荡混匀，吸弃上清并重复1次；5)洗净上清后，加入STES震荡混匀，加入酚氯仿震荡离心；6)移上清至新的离心管中，加入RNaseA混匀后，室温放置；7)加入磁珠和binding buffer，震荡混匀；8)血液混匀仪上结合；9)置于磁力架上，待上清澄清后，吸弃上清；10)加入乙醇，静置后去除乙醇；11)短暂离心后，洗净乙醇，加入灭菌水吹打混匀；12)室温放置待上清澄清后，移上清到新的离心管中。
一种富含多糖微生物基因组 dna 提取方法

[发明专利]一种检测乳糖酶基因多样性的引物组及其应用-CN201610719741.4在审
发明人：孙子奎;王锋;丁方美;李嫦娥;王慧娟 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-08-24 - 公布日： 2016-11-09 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学领域，特别是涉及一种检测乳糖酶基因多样性的引物组及其应用，所述引物组的序列包括：上游引物SEQ ID NO.1与下游引物SEQ ID NO.2、上游引物SEQ ID NO.3与下游引物SEQ ID NO.4和上游引物SEQ ID NO.5与下游引物SEQ ID NO.6。本发明通过设计广谱兼并引物得到引物组，通过该引物组扩增乳糖酶基因片段，可鉴定微生物菌落多样性，以便了解其微生物种类和丰度组成，进而研究物种进化和系统发育，从而帮助医学研究者更好的指导用药。
一种检测乳糖酶基因多样性引物及其应用

[发明专利]利用基因对植物进行种属鉴定的方法-CN201610248091.X在审
发明人：孙子奎;王锋;丁方美;李嫦娥;方婉 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-04-20 - 公布日： 2016-07-06 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用基因对植物进行种属鉴定的方法；包括如下步骤：待测植物样品基因组DNA提取；以待测植物样品基因组DNA为模板，用针对rbcL基因序列设计的引物和针对matK基因序列设计的引物进行PCR扩增；回收PCR扩增产物，获得目的DNA；利用基于Sanger双脱氧链终止法对所述目的DNA进行测序；将测序结果与公共数据库中的序列进行比对，根据同源性将待测植物鉴定到属或种。本发明从分子水平鉴定植物的种属，比从形态学鉴定更加准确；对植物形态的完整性没有太多的要求，只要有植物本身少许的组织即可提取DNA，并进行本发明的鉴定。
利用基因植物进行种属鉴定方法

[发明专利]一种应用于全基因组重亚硫酸盐测序的PCR扩增体系及文库构建方法-CN201410632658.4在审
发明人：孙子奎;高文学;丁方美;王锋;何再平 -专利权人：上海派森诺生物科技有限公司
申请日： 2014-11-11 - 公布日： 2016-06-08 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学技术领域，公开了一种应用于全基因组重亚硫酸盐测序的PCR扩增体系及文库构建方法。该PCR扩增体系包含下述组份：超纯水19μl；DNA模板15μl；反应缓冲液5μl；上游引物2.5μl；下游引物2.5μl；2.5mM dNTP 5μl；热启动DNA聚合酶1μl。将该种PCR扩增体系用于全基因组重亚硫酸盐测序过程中对盐处理后的目的片段的PCR扩增步骤，可提高PCR扩增反应的产物浓度，为测序提供足够的上机量。本发明也提供包含上述PCR扩增步骤的重亚硫酸盐测序文库构建方法，该方法可构建足够上机量的甲基化测序文库，有助于全基因组重亚硫酸盐测序的顺利进行。
一种应用于基因组亚硫酸盐 pcr 扩增体系文库构建方法

[发明专利]一种采用一步法进行DNA末端修复/加dA的方法及应用-CN201610040334.0在审
发明人：孙子奎;王锋;丁方美;李嫦娥;吴帅来;朱月艳;王果 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-01-21 - 公布日： 2016-05-11 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种采用一步法进行DNA末端修复/加dA的方法及其应用，所述方法采用T4DNA聚合酶、Taq DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶的混合酶系。本发明方法将DNA末端修复/加dA整体所需时间从1个半小时左右减少到40分钟左右，且省去的DNA纯化步骤减少了试剂耗材消费，节约了成本，避免纯化导致的DNA损失，提高了DNA文库制备的效率，降低了制备DNA文库所需的最低DNA质量。
一种采用一步法进行 dna 末端修复 da 方法应用

[发明专利]一种基于酶切法检测β-酪蛋白基因型的方法-CN201410273637.8在审
发明人：孙子奎;高文学;丁方美;王锋;方钰 -专利权人：上海派森诺生物科技有限公司
申请日： 2014-06-18 - 公布日： 2016-01-06 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于酶切法检测β-酪蛋白基因型的方法，其包括以下步骤：根据β-酪蛋白基因的碱基序列，设计出能够使A1型β-酪蛋白基因的扩增片段内含有TaqI酶切位点而不能使A2β-酪蛋白基因的扩增片段产生TaqI酶切位点的引物，利用该引物对待检测的奶牛基因组DNA进行PCR扩增，利用限制性内切酶TaqI对扩增产物进行酶切，根据琼脂糖凝胶电泳的结果进行判断，含有A1β-酪蛋白的扩增产物在酶切之后就会产生一个218bp的片段和一个35bp的小片段；A2β-酪蛋白基因的扩增产物不会产生TaqI酶切位点，则无法被TaqI切开，仍为253bp的条带。本发明提供的基于酶切法检测β-酪蛋白基因型的方法能检测出β-酪蛋白不同的基因型，从而保证人们喝的牛奶为含有A2型β-酪蛋白的牛奶。
一种基于酶切法检测蛋白基因型方法

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